Was ist eine Protein Data Bank (PDB)-Datei? Wie kann ich es in Windows 11 öffnen und anzeigen?

Protein Data Bank (PDB) -Dateien sind dreidimensionale molekulare Dateien, die molekulare Strukturen speichern. Wenn Sie sich nun fragen, wie Sie solche Dateien auf dem PC öffnen können, wird Sie dieser Beitrag interessieren. Hier werden wir PDB-Dateien im Detail besprechen und wie man solche Dateien in Windows 11/10 anzeigt. Also, ohne weitere Umschweife, lasst es uns überprüfen!

Was ist eine Protein Data Bank (PDB)-Datei?

Die Protein Data Bank (PDB) ist eine Datenbank mit 3D-Strukturdaten für Proteine, Nukleinsäuren und andere große Moleküle. Eine Datei mit der Erweiterung pdb ist im Grunde eine Datei, die Daten enthält, die sich auf die Struktur eines biologischen 3D-Moleküls beziehen. Die Daten umfassen Atomkoordinaten, Atomstrukturen, Atomkonnektivität, Proteinstruktur, Nukleinsäurestruktur und mehr. Es enthält auch experimentelle Metadaten.

Dieses Dateiformat wird in der Bioinformatik häufig zum Austausch von Proteinkoordinaten verwendet. Es enthält Tausende von Zeilen, die die Struktur eines Proteins beschreiben. Wenn Sie jetzt PDB-Dateien auf einem Windows-PC lesen oder anzeigen möchten, müssen Sie ein spezielles Drittanbieter-Tool verwenden, da es dafür keine native App gibt. In diesem Beitrag werden wir verschiedene Möglichkeiten zum Anzeigen von PDB-Dateien in Windows 11/10 diskutieren.

Wie kann ich die Protein Data Bank (PDB)-Datei in Windows 11 anzeigen?

Es gibt zwei Möglichkeiten, die Protein Data Bank (PDB)-Datei in Windows 11/10 anzuzeigen, nämlich:

1. Verwenden Sie kostenlose Software, um PDB-Dateien anzuzeigen.
2. Probieren Sie ein kostenloses Online-Tool aus, um PDB-Dateien zu lesen.

1] Verwenden Sie kostenlose Software, um PDB-Dateien anzuzeigen.

Sie können Windows-Software von Drittanbietern verwenden, mit der Sie PDB-Dateien öffnen und anzeigen können. Es gibt mehrere kostenlose Desktop-Apps für Windows, die Sie ausprobieren können. Hier sind einige gute, die Sie verwenden können:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Molekel
• Rasmol

A] IKmol

IQmol ist eine kostenlose Open-Source-Molekulareditor- und Visualisierungssoftware für Windows 11/10. Mit ihr können Sie PDB sowie verschiedene andere 3D-Moleküldateien wie MOL, SMI, CUBE, XYZ usw. anzeigen. In dieser Software finden Sie alle wichtigen Tools zur molekularen Visualisierung. Diese Tools reichen von einfach bis fortgeschritten. Neben der Anzeige der PDB-Datei können Sie auch die Molekülstruktur bearbeiten.

Es ermöglicht Ihnen, mehrere PDB-Dateien gleichzeitig zu öffnen und sie alle gleichzeitig anzuzeigen. Im Bereich Modellansicht können Sie das Rendern einer oder mehrerer PDB-Dateien aktivieren oder deaktivieren.

Die Hauptmerkmale von IQmol:

Die Funktionen dieses kostenlosen Open-Source-PDB-Dateibetrachters, die Sie sich ansehen können, sind:

• Sie finden alle Standardwerkzeuge zum Durchsuchen von Dateien, einschließlich Vergrößern/Verkleinern (mit dem Mausrad), Schwenken, Drehen, Vollbild, Zurücksetzen des Ansichtsmodus, Anzeigen von Achsen usw.
• Sie können das Erscheinungsbild des Modells anpassen, indem Sie Parameter wie Shader, Umgebungslicht, Umgebungslicht, Nebelstärke, Glanzlichter, Rauschintensität, POV-Ray-Einstellungen usw. bearbeiten.
• Sie können auch atomare Bezeichnungen wie Atommasse, Teilladung, NMR, Spindichte usw. hinzufügen.
• Auf diese Weise können Sie die Kameraeinstellungen nach Ihren Wünschen anpassen. Sie können Kameraprojektion, Position usw. anpassen.
• Es verfügt über eine praktische automatische Rotationsfunktion , mit der Sie das Molekülmodell automatisch drehen können.
• Sie können die aktuelle Proteinstrukturdarstellung in einem Bildformat wie PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS usw. speichern.
• Außerdem können Sie PDB mithilfe der Funktion „Speichern unter“ in andere Moleküldateien konvertieren. Unterstützte Ausgabeformate: XYZ, MOL, MOL2, CML usw.
• Sie können seine Berechnungsfunktionen auch verwenden , um Molekularstrukturenergie, Kräfte, PES-Scan, Übergangszustand, chemische Verschiebungen, Geometrie, Energiezerlegung, BSSE-Korrektur usw. zu berechnen.

Zusätzlich zu den Anzeigefunktionen erhalten Sie ein spezielles Baumenü mit einer Reihe molekularer Konstruktionsfunktionen. Zu diesen Funktionen gehören das Hinzufügen neuer Atome, das Einfügen neuer Moleküle, das Minimieren der Struktur, das Festlegen von Isotopen und mehr.

Dies ist eine wirklich gute molekulare Modellierungssoftware, mit der Sie Protein Data Bank-Dateien auf Ihrem PC visualisieren können. Wenn es Ihnen gefällt, laden Sie es hier herunter .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer ist ein spezieller kostenloser PDB-Dateibetrachter für Windows 11/10. Es ermöglicht Ihnen, mehrere Proteinstrukturen gleichzeitig zu visualisieren und zu analysieren. Sie können die in der PDB-Datei enthaltene Proteinstruktur, DNA-Struktur usw. analysieren. Abgesehen von der PDB-Datei können Sie damit auch MOL- und MMCIF-Dateien öffnen und anzeigen.

Wenn Sie eine PDB-Datei öffnen, wird auf der Benutzeroberfläche eine 3D-Ansicht zusammen mit einem Bedienfeldfenster angezeigt. Das Bedienfeld enthält allgemeine Informationen, eine Liste und einen Dateititel. Sie können die Struktur einfach verschieben, drehen, vergrößern/verkleinern usw.

Außerdem können Sie die Punktoberfläche, die Basis, Wasserstoffbrückenbindungen, Kraftvektoren und mehr nach Ihren Wünschen ein- oder ausblenden. Sie können auch verschiedene Teile mit unterschiedlichen Farbschemata hervorheben, um die Struktur besser zu analysieren. Darüber hinaus können Sie Anzeigefunktionen wie Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels und mehr verwenden.

Neben Visualisierungswerkzeugen erhalten Sie auch viele molekulare Modellierungsfunktionen. Darüber hinaus bietet es auch Energieberechnung, H-Bindungsberechnung, Domänenanalyse, Domänenerkennung, 3D-Motiverstellung, kristallografische Symmetriebildung und andere Werkzeuge.

Sie können es von der offiziellen Seite herunterladen .

C] KyuMall

CueMol ist ein weiterer kostenloser PDB-Viewer für Windows 11/10. Es ist ein Visualisierungstool für makromolekulare Strukturen, mit dem Sie PDB-Dateien anzeigen können. Andere Dateien, die Sie darin öffnen und anzeigen können, sind DX, MAP, MTZ, CNS usw.

Sie können zwischen perspektivischer und orthogonaler Ansicht wechseln, das Modell drehen, vergrößern/verkleinern usw. Sie können das Modell mit POV-Ray und seinen Animations-Rendering-Methoden rendern. Die gerenderte Struktur kann im PNG-Format gespeichert werden. Es ist auch ein Messwerkzeug verfügbar, mit dem Sie Abstand, Winkel und Drehung im Modell messen können.

Sie können auch einige zusätzliche Tools finden, um die Proteinstruktur weiter zu analysieren. Zu diesen Werkzeugen gehören molekulare Superposition, Mol-Oberflächenschneider, Mol-Oberflächenerstellung, Mol-Bindungseditor, Interaktionsanalyse, Mol-Morph-Animation usw.

Es ist eine gute Software, um die in PDB-Dateien vorhandene Proteinstruktur zu visualisieren und zu analysieren.

D] Molekül

Die nächste PDB-Viewer-Software auf dieser Liste ist Molekel. Dies ist eine ziemlich alte, aber leistungsstarke molekulare Visualisierungssoftware, mit der Sie PDB-Dateien öffnen und anzeigen können. Sie finden viele molekulare Visualisierungs- und Analysewerkzeuge, mit denen Sie Proteinstrukturen analysieren können.

Sie können die Anzeige von Molekülen, Atomen, Bindungen, Resten usw. anpassen. Sie können für jedes von ihnen verschiedene Anzeigetypen auswählen, z. B. Ball & Stick, CPK, Halbkugel, SoSphere, Vollkugel, Zylinder, SoCylinder, Halbzylinder, Wire, Stick, Line Tape usw. Darüber hinaus können Sie die 3D-Ansichtseigenschaften anpassen, Begrenzungsrahmen ein-/ausblenden, Shader verwenden usw. Sie können die PDB-Datei anzeigen, indem Sie die Elektronendichte der Oberfläche der Struktur ändern und Hinzufügen einer für Lösungsmittel verfügbaren Oberfläche zu der Struktur.

Sie finden darin eine Animationsfunktion , um die Animation der Struktur des Moleküls nachzubilden. Es hat auch ein spezielles „Analyse“-Menü mit entsprechenden Werkzeugen. Mit Analysewerkzeugen können Sie Rasterdaten, Rotationsdichte, molekulares elektrostatisches Potential, Emissionsspektrum, Abstand, Winkel und mehr für eine Struktur bestimmen.

Es ermöglicht Ihnen auch, PDB-Dateien in verschiedene Dateiformate zu konvertieren. Zu diesen Formaten gehören PDF, PS, EPS und Bild. Wenn es dir gefallen hat, kannst du es hier bekommen .

E] Schleifen

Sie können auch RasMol verwenden, um PDB-Dateien unter Windows 11/10 anzuzeigen. Es ist eine kostenlose Open-Source-Software, mit der Sie molekulare Strukturen visualisieren und analysieren können. Es unterstützt auch das Öffnen und Anzeigen anderer Dateien wie MOL, XYZ, CIF, MOPAC usw.

Sie können die Struktur als Rahmen, Kette, Stäbe, Bänder, Stränge usw. anzeigen. Sie können auch verschiedene Teile der Struktur mit unterschiedlichen Farben hervorheben. Es ermöglicht Ihnen auch, Wasserstoffatome, Heteroatome, Schatten, Beschriftungen usw. nach Ihren Wünschen ein- oder auszublenden. Sie können auch Abstand, Torsion, Winkel und andere Werte in einer Struktur messen.

Diese Software ist hier verfügbar .

2] Probieren Sie ein kostenloses Online-Tool aus, um PDB-Dateien zu lesen.

Sie können auch ein kostenloses Online-Tool verwenden, um PDB-Dateien zu öffnen und anzuzeigen. Sie müssen lediglich die Website in einem Webbrowser öffnen und die PDB-Datei herunterladen, um sie anzuzeigen. Hier sind einige gute kostenlose Online-PDB-Viewer, die Sie ausprobieren können:

• RCSB-PDB
• Molsoft

A] RCSB-PDB

Sie können dieses kostenlose Online-Tool namens RCSB PDB verwenden, um Protein Data Bank-Dateien zu visualisieren. Es ermöglicht Ihnen, eine PDB-Datei zu importieren und dann ihre molekulare Struktur zu visualisieren und zu analysieren.

Sie finden einige grundlegende Visualisierungsfunktionen wie Zoomen, Drehen, Umschalten der erweiterten Hafenansicht, Zurücksetzen der Kamera, Umschalten des Auswahlmodus usw. Außerdem können Sie einige Einstellungen oder Steueroptionen wie Kameramodus (Perspektive oder Orthografisch), Hintergrundfarbe usw. anpassen /aus. Okklusion deaktivieren, Nebel aktivieren/deaktivieren, Clipping, Position usw.

Es kommt mit einer Animationsfunktion . Damit können Sie die Proteinstruktur automatisch drehen. Damit können Sie die Rotationsgeschwindigkeit und den Winkel einstellen. Sie erhalten auch ein spezielles Messwerkzeug. Mit diesem Tool können Sie mehrere Werte wie Entfernung, Ausrichtung, Winkel und mehr herausfinden.

Zusätzlich zu diesen Funktionen stehen mehrere andere praktische Tools zur Verfügung: Strukturmotivsuche, Hinzufügen von Komponenten, Animationsexport, Geometrieexport (STL, OBJ usw.) und Modellexport.

Alles in allem ist dies ein wirklich guter kostenloser Online-PDB-Viewer mit einer großartigen Auswahl an Visualisierungstools. Sie können es hier versuchen .

B] Molsoft

Molsoft ist ein weiteres Online-Tool, das zur Visualisierung von PDB-Strukturen verwendet werden kann. Dies ist ein einfacher PDB-Dateibetrachter mit grundlegenden Funktionen. Öffnen Sie zunächst seine Website und klicken Sie auf den Menüpunkt mit den drei Balken. Wählen Sie danach die Option „Öffnen“, um eine lokal gespeicherte PDB-Datei zu importieren oder eine Datei von Ihrem Google Drive hochzuladen. Wenn Sie eine Datei auswählen, wird Ihnen die molekulare Struktur im Viewer angezeigt.

Sie können verschiedene Ansichtsmodi verwenden, um die Struktur zu visualisieren. Diese Ansichten umfassen Drahtmodell, Kreatin-Phosphokinase (CPK), Kugel und Stab, Band usw. Sie können ganz einfach zwischen diesen Ansichtsmodi wechseln, um Ihren Anforderungen gerecht zu werden. Darüber hinaus können Sie Atommarkierungen, Restmarkierungen, Wasserstoffbrückenbindungen und Stellen für ein besseres Verständnis der Struktur aktivieren oder deaktivieren.

Es bietet auch Messwerkzeuge. Sie können im Modell Abstand, Flachwinkel und Verdrehwinkel messen. Darüber hinaus steht eine praktische Color by-Funktion zur Verfügung, mit der Sie die Struktur nach Atomtyp, Kette, Ausrichtung, Sekundärstruktur usw. einfärben können.

Dies ist ein weiterer guter Online-PDB-Dateibetrachter, den Sie kostenlos ausprobieren können.

Wie lade ich eine PDB-Datei von der Protein Data Bank herunter?

Um eine PDB-Datei von der Protein Data Bank herunterzuladen, können Sie die Website der Protein Data Bank besuchen, den Namen des Proteins oder Makromoleküls eingeben und suchen, z. B. menschliches Hämoglobin, Chitinase usw. Wählen Sie dann die Datei aus den Suchergebnissen aus und Verwenden Sie die Download-Option, um die PDB-Datei herunterzuladen. So einfach ist das.

Wie werden PDB-Strukturen angezeigt?

Molekulare Strukturen der PDB können mit einem speziellen Online-Tool oder einer Softwareanwendung angezeigt werden. Sie können kostenlose Software wie IQmol, Swiss-PdbViewer und CueMol ausprobieren, um PDB-Strukturen auf Ihrem PC zu visualisieren und zu analysieren. Wenn Sie lieber ein Online-Tool verwenden, gibt es viele Möglichkeiten. Probieren Sie beispielsweise Webdienste wie RCSB PDB und Molsoft aus. Dies sind kostenlose Online-PDB-Dateibetrachter, die fortschrittliche molekulare Visualisierungs- und Analysewerkzeuge bieten.

Wie konvertiert man eine PDB-Datei in PDF?

Um PDB-Dateien in PDF zu konvertieren, können Sie diese kostenlose Desktop-Anwendung namens Molekel verwenden. Es bietet eine spezielle Option „Als PDF speichern“, mit der Sie die PDB-Datei in das PDF-Format konvertieren können. Sie können die PDB-Datei öffnen und dann auf „Datei“ > „Als PDF speichern“ klicken, um PDB in PDF zu konvertieren. Wir haben diese Software in diesem Beitrag ausführlich besprochen, siehe oben.

Das ist alles.

Quelle: Der Windows-Club