Protein Data Bank (PDB) ファイルとは何ですか? Windows 11で開いて表示する方法は?

2022/09/20

Protein Data Bank (PDB)ファイルは、分子構造を保存する 3 次元の分子ファイルです。このようなファイルを PC で開く方法を知りたい場合は、この投稿に興味を持ってください。ここでは、PDB ファイルについて詳しく説明し、Windows 11/10 でそのようなファイルを表示する方法について説明します。それでは、早速チェックしていきましょう！

Protein Data Bank (PDB) ファイルとは何ですか?

Protein Data Bank (PDB) は、タンパク質、核酸、およびその他の高分子の 3D 構造データのデータベースです。pdb拡張子を持つファイルは、基本的に 3D 生体分子の構造に関連するデータを含むファイルです。データには、原子座標、原子構造、原子結合性、タンパク質構造、核酸構造などが含まれます。また、実験的なメタデータも含まれています。

このファイル形式は、バイオインフォマティクスでタンパク質座標を交換するために広く使用されています。タンパク質の構造を説明する何千もの行が含まれています。現在、Windows PC で PDB ファイルを読み取りまたは表示する場合は、専用のサードパーティツールを使用する必要があります。そのためのネイティブアプリはありません。この投稿では、Windows 11/10 で PDB ファイルを表示するさまざまな方法について説明します。

Windows 11 で Protein Data Bank (PDB) ファイルを表示するには?

Windows 11/10 で Protein Data Bank (PDB) ファイルを表示するには、次の 2 つの方法があります。

PDB ファイルを表示するには、フリーソフトウェアを使用します。
PDB ファイルを読み取るための無料のオンラインツールをお試しください。

1] PDBファイルを表示するには、フリーソフトウェアを使用してください。

PDB ファイルを開いて表示できるサードパーティの Windows ソフトウェアを使用できます。試用できる Windows 用の無料のデスクトップアプリがいくつかあります。ここにあなたが使うことができるいくつかの良いものがあります:

IQモル
スイス-PdbViewer
クモール
モレケル
ラスモール

A] IKmol

IQmol は、Windows 11/10 用の無料でオープンソースの分子エディターおよび可視化ソフトウェアです。これを使用すると、PDB だけでなく、MOL、SMI、CUBE、XYZ などの他のさまざまな 3D 分子ファイルを表示できます。このソフトウェアでは、すべての重要な分子可視化ツールを見つけることができます。これらのツールは、基本的なものから高度なものまでさまざまです。PDBファイルを閲覧するだけでなく、分子構造を編集することもできます。

複数の PDB ファイルを同時に開き、それらすべてを同時に表示することができます。モデルビューパネルでは、1 つまたは複数の PDB ファイルのレンダリングを有効または無効にできます。

IQmolの主な特徴:

この無料でオープンソースの PDB ファイルビューアーの特徴は次のとおりです。

ズームイン/ズームアウト (マウスホイールを使用)、パン、回転、全画面表示、表示モードのリセット、軸の表示など、すべての標準的なファイルブラウジングツールを見つけることができます。
シェーダー、環境光、環境光、フォグ強度、ハイライト、ノイズ強度、POV-Ray 設定などのパラメーターを編集して、モデルの外観をカスタマイズできます。
原子質量、部分電荷、NMR、スピン密度などの原子ラベルを追加することもできます。
これにより、カメラの設定を好みに合わせてカスタマイズできます。カメラの投影、位置などを調整できます。
分子モデルを自動的に回転できる便利な自動回転機能があります。
現在のタンパク質構造表現を PNG、PPM、BMP、JPG、PS、EPS などの画像形式で保存できます。
また、「名前を付けて保存」機能を使用して、PDB を他の分子ファイルに変換することもできます。サポートされている出力形式: XYZ、MOL、MOL2、CML など
その計算機能を使用して、分子構造エネルギー、力、PES スキャン、遷移状態、化学シフト、幾何学、エネルギー分解、BSSE 補正などを計算することもできます。

関数の表示に加えて、一連の分子構築関数を含む特別なビルドメニューが表示されます。これらの機能には、新しい原子の追加、新しい分子の挿入、構造の最小化、同位体の設定などが含まれます。

これは、PC 上で Protein Data Bank ファイルを視覚化できる、非常に優れた分子モデリングソフトウェアです。気に入ったら、ここからダウンロードしてください。

B] スイス-PdbViewer

Swiss-PdbViewer は、Windows 11/10 用の特別な無料の PDB ファイルビューアーです。複数のタンパク質構造を同時に視覚化し、分析することができます。PDBファイルに含まれるタンパク質の構造、DNAの構造などを解析できます。PDB ファイルとは別に、MOL および MMCIF ファイルを開いて表示することもできます。

PDB ファイルを開くと、3D ビューがコントロールパネルウィンドウと共にインターフェイスに表示されます。コントロールパネルには、一般情報、リスト、およびファイルタイトルが含まれています。構造の移動、回転、ズームイン/アウトなどを簡単に行うことができます。

また、好みに応じて、ドットサーフェス、ベース、水素結合、力ベクトルなどを表示または非表示にすることもできます。構造をよりよく分析するために、さまざまな配色でさまざまなパーツを強調表示することもできます。さらに、Render in Solid 3D、Render POV、Display Labels などの表示機能を使用できます。

視覚化ツールに加えて、多くの分子モデリング機能も利用できます。さらに、エネルギー計算、水素結合計算、ドメイン分析、ドメイン検出、3D モチーフ作成、結晶学的対称性構築などのツールも備えています。

公式サイトからダウンロードできます。

C]キュモール

CueMolは、Windows 11/10 用のもう 1 つの無料の PDB ビューアーです。PDBファイルを閲覧できる高分子構造可視化ツールです。開いて表示できるその他のファイルは、DX、MAP、MTZ、CNS などです。

パースペクティブビューと正投影ビューの切り替え、モデルの回転、ズームイン/アウトなどを行うことができます。POV-Ray とそのアニメーションレンダリングメソッドを使用してモデルをレンダリングできます。レンダリングされた構造は、PNG 形式で保存できます。モデルの距離、角度、およびねじれを測定できる測定ツールも使用できます。

タンパク質構造をさらに分析するための追加ツールもいくつかあります。これらのツールには、分子重ね合わせ、Mol サーフェスカッター、Mol サーフェス作成、Mol ボンドエディター、相互作用解析、Mol モーフアニメーションなどが含まれます。

PDB ファイルに存在するタンパク質構造を視覚化および分析するための優れたソフトウェアです。

D] モレケル

このリストの次の PDB ビューアソフトウェアは Molekel です。これはかなり古いですが、PDB ファイルを開いて表示できる強力な分子可視化ソフトウェアです。タンパク質の構造を分析できる分子の可視化および分析ツールが多数あります。

分子、原子、結合、残基などの表示をカスタマイズできます。Ball & Stick、CPK、Hemisphere、SoSphere、Full Sphere、Cylinder、SoCylinder、Semicylinder など、それぞれに異なる表示タイプを選択できます。 Wire、Stick、Line Tape など。さらに、3D ビュープロパティの調整、バウンディングボックスの表示/非表示、シェーダーの使用などを行うことができます。構造の表面の電子密度を変更して PDB ファイルを表示し、溶媒に利用可能な表面を構造に追加します。

分子の構造をアニメーションで再現するアニメーション機能があります。また、適切なツールを備えた特別な「分析」メニューもあります。解析ツールを使用すると、構造のグリッドデータ、回転密度、分子静電ポテンシャル、発光スペクトル、距離、角度などを特定できます。

また、PDB ファイルをさまざまなファイル形式に変換することもできます。これらの形式には、PDF、PS、EPS、および画像が含まれます。気に入った場合は、ここで入手できます。

E]研削

RasMol を使用して、Windows 11/10 で PDB ファイルを表示することもできます。これは、分子構造を視覚化および分析できる無料のオープンソースソフトウェアです。また、MOL、XYZ、CIF、MOPAC などの他のファイルを開いて表示することもサポートしています。

構造をフレーム、ワープ、ロッド、リボン、ストランドなどとして表示できます。構造のさまざまな部分をさまざまな色で強調表示することもできます。また、好みに応じて、水素原子、ヘテロ原子、影、ラベルなどを表示または非表示にすることもできます。また、構造物の距離、ねじれ、角度、およびその他の値を測定することもできます。

このソフトウェアはこちらから入手できます。

2] PDB ファイルを読み取る無料のオンラインツールを試してみてください。

無料のオンラインツールを使用して、PDB ファイルを開いて表示することもできます。Web ブラウザーで Web サイトを開き、PDB ファイルをダウンロードして表示するだけです。以下は、試すことができる優れた無料のオンライン PDB ビューアです。

RCSB PDB
モルソフト

A] RCSB PDB

RCSB PDB と呼ばれるこの無料のオンラインツールを使用して、Protein Data Bank ファイルを視覚化できます。PDB ファイルをインポートして、その分子構造を視覚化および分析できます。

ズーム、回転、高度なポートビューの切り替え、カメラのリセット、選択モードの切り替えなど、いくつかの基本的な視覚化機能を見つけることができます。また、いくつかの設定を調整したり、カメラモード (視点または正投影)、背景色などのオプションを制御したりすることもできます。 /オフ。オクルージョンを無効にし、フォグ、クリッピング、位置などを有効/無効にします。

アニメーション機能付きです。これを使用すると、タンパク質構造を自動的に回転させることができます。これで、回転速度と角度を調整できます。専用の測定ツールも入手できます。このツールを使用すると、距離、向き、角度などの複数の値を見つけることができます。

これらの機能に加えて、構造モチーフの検索、コンポーネントの追加、アニメーションのエクスポート、ジオメトリのエクスポート (STL、OBJ など)、およびモデルのエクスポートなど、いくつかの便利なツールが利用できます。

全体として、これは優れた視覚化ツールのセットを備えた非常に優れた無料のオンライン PDB ビューアーです。ここで試すことができます。

B]モルソフト

Molsoft は、PDB 構造を視覚化するために使用できるもう 1 つのオンラインツールです。これは、基本的な機能を備えたシンプルな PDB ファイルビューアーです。開始するには、彼のWeb サイトを開き、3 つのバーがあるメニュー項目をクリックします。その後、「開く」オプションを選択して、ローカルに保存された PDB ファイルをインポートするか、Google ドライブからファイルをアップロードします。ファイルを選択すると、ビューアに分子構造が表示されます。

さまざまな表示モードを使用して、構造を視覚化できます。これらのビューには、ワイヤーフレーム、クレアチンホスホキナーゼ (CPK)、ボールとロッド、リボンなどが含まれており、要件に合わせてこれらのビューモードを簡単に切り替えることができます。さらに、構造をよりよく理解するために、原子ラベル、残基ラベル、水素結合、およびサイトを有効または無効にすることができます。

また、測定ツールも提供します。モデル内の距離、平面角度、およびねじれ角度を測定できます。また、原子の種類、鎖、配列、二次構造などで構造を色分けできる便利な Color by 機能が用意されています。

これは、無料で試すことができるもう 1 つの優れたオンライン PDB ファイルビューアーです。

Protein Data Bank から PDB ファイルをダウンロードするには?

Protein Data Bank から PDB ファイルをダウンロードするには、Protein Data Bank の Web サイトにアクセスし、ヒトヘモグロビン、キチナーゼなどのタンパク質または高分子の名前を入力して検索します。次に、検索結果からファイルを選択し、ダウンロードオプションを使用して、PDB ファイルをダウンロードします。それと同じくらい簡単です。

PDB構造を表示するには?

PDB の分子構造は、専用のオンラインツールまたはソフトウェアアプリケーションを使用して表示できます。IQmol、Swiss-PdbViewer、CueMol などのフリーソフトウェアを試して、PC 上で PDB 構造を視覚化および分析できます。オンラインツールを使用したい場合は、多くのオプションがあります。たとえば、RCSB PDB や Molsoft などの Web サービスを試してください。これらは、高度な分子の視覚化および分析ツールを提供する無料のオンライン PDB ファイルビューアーです。

PDBファイルをPDFに変換するには?

PDB ファイルを PDF に変換するには、Molekel と呼ばれるこの無料のデスクトップアプリケーションを使用できます。PDBファイルをPDF形式に変換できる特別な「PDFに保存」オプションを提供します。PDB ファイルを開き、[ファイル] > [PDF に保存] をクリックして、PDB を PDF に変換します。このソフトウェアについては、この投稿で詳しく説明しています。上記をご覧ください。

それで全部です。

出典: Windows クラブ