什麼是蛋白質數據庫 (PDB) 文件？如何在 Windows 11 中打開和查看它？

2022/09/20

蛋白質數據庫 (PDB)文件是存儲分子結構的三維分子文件。現在，如果您想知道如何在 PC 上打開此類文件，這篇文章會讓您感興趣。在這裡，我們將詳細討論 PDB 文件以及如何在 Windows 11/10 中查看此類文件。所以，事不宜遲，讓我們來看看吧！

什麼是蛋白質數據庫 (PDB) 文件？

蛋白質數據庫(PDB) 是一個包含蛋白質、核酸和其他大分子的 3D 結構數據的數據庫。具有pdb擴展名的文件基本上是一個包含與 3D 生物分子結構相關的數據的文件。數據包括原子坐標、原子結構、原子連通性、蛋白質結構、核酸結構等。它還包含實驗性元數據。

這種文件格式在生物信息學中廣泛用於交換蛋白質坐標。它包含數千行描述蛋白質結構的行。現在，如果您想在 Windows PC 上讀取或查看 PDB 文件，則需要使用專用的第三方工具，因為沒有本機應用程序。在這篇文章中，我們將討論在 Windows 11/10 中查看 PDB 文件的不同方法。

如何在 Windows 11 中查看蛋白質數據庫 (PDB) 文件？

在 Windows 11/10 中查看蛋白質數據庫 (PDB) 文件有兩種方式，即：

使用免費軟件查看 PDB 文件。
嘗試使用免費的在線工具來讀取 PDB 文件。

1]使用免費軟件查看PDB文件。

您可以使用允許您打開和查看 PDB 文件的第三方 Windows 軟件。您可以嘗試一些適用於 Windows 的免費桌面應用程序。這裡有一些你可以使用的好方法：

智商摩爾
Swiss-PdbViewer
庫摩爾
莫萊克爾
拉斯莫爾

A] IKmol

IQmol 是適用於 Windows 11/10 的免費開源分子編輯器和可視化軟件。使用它，您可以查看 PDB 以及其他各種 3D 分子文件，如 MOL、SMI、CUBE、XYZ 等。在此軟件中，您可以找到所有重要的分子可視化工具。這些工具範圍從基本到高級。除了查看 PDB 文件，您還可以編輯分子結構。

它允許您同時打開多個 PDB 文件並同時查看它們。在“模型視圖”面板中，您可以啟用或禁用一個或多個 PDB 文件的呈現。

IQmol的主要特點：

您可以查看此免費和開源 PDB 文件查看器的功能是：

您可以找到所有標準的文件瀏覽工具，包括放大/縮小（使用鼠標滾輪）、平移、旋轉、全屏、重置視圖模式、顯示軸等。
它允許您通過編輯著色器、環境光、環境光、霧強度、高光、噪聲強度、POV-Ray 設置等參數來自定義模型的外觀。
您還可以添加原子標記，例如原子質量、部分電荷、NMR、自旋密度等。
這使您可以根據自己的喜好自定義相機設置。您可以調整相機投影、位置等。
它具有方便的自動旋轉功能，可讓您自動旋轉分子模型。
您可以將當前的蛋白質結構表示保存為PNG、PPM、BMP、JPG、PS、EPS等圖像格式。
它還允許您使用“另存為”功能將 PDB 轉換為其他分子文件。支持的輸出格式：XYZ、MOL、MOL2、CML等。
您還可以使用它的計算功能來計算分子結構能量、力、PES掃描、過渡態、化學位移、幾何形狀、能量分解、BSSE校正等。

除了查看功能外，您還可以獲得一個特殊的 Build 菜單，其中包含一組分子構建功能。這些功能包括添加新原子、插入新分子、最小化結構、設置同位素等等。

這是一個非常好的分子建模軟件，您可以使用它在您的 PC 上可視化蛋白質數據庫文件。如果你喜歡它，請從這裡下載。

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer 是適用於 Windows 11/10 的特殊免費 PDB 文件查看器。它允許您同時可視化和分析幾種蛋白質結構。您可以分析PDB文件中包含的蛋白質結構、DNA結構等。除了 PDB 文件，它還允許您打開和查看 MOL 和 MMCIF 文件。

打開 PDB 文件時，界面上會顯示 3D 視圖以及控制面板窗口。控制面板包含一般信息、列表和文件標題。您可以輕鬆移動結構、旋轉結構、放大/縮小等。

它還允許您根據自己的喜好顯示或隱藏點表面、鹼基、氫鍵、力矢量等。您還可以使用不同的配色方案突出顯示不同的部分，以更好地分析結構。此外，您還可以使用顯示功能，例如以實體 3D 渲染、渲染 POV、顯示標籤等。

除了可視化工具，您還可以獲得很多分子建模功能。此外，它還具有能量計算、氫鍵計算、域分析、域檢測、3D 基序創建、晶體學對稱構建等工具。

您可以從官方網站下載它。

C] KyuMall

CueMol是另一個適用於 Windows 11/10 的免費 PDB 查看器。它是一個大分子結構可視化工具，您可以使用它查看 PDB 文件。您可以在其中打開和查看的其他文件有 DX、MAP、MTZ、CNS 等。

它允許您在透視和正交視圖之間切換、旋轉模型、放大/縮小等。您可以使用 POV-Ray 及其動畫渲染方法渲染模型。渲染的結構可以保存為 PNG 格式。還可以使用測量工具來測量模型中的距離、角度和扭曲。

您還可以找到一些其他工具來進一步分析蛋白質結構。這些工具包括分子疊加、Mol 曲面切割器、Mol 曲面創建、Mol 鍵編輯器、相互作用分析、Mol 變形動畫等。

它是可視化和分析 PDB 文件中存在的蛋白質結構的好軟件。

D] 莫勒克爾

此列表中的下一個 PDB 查看器軟件是 Molekel。這是一個相當古老但功能強大的分子可視化軟件，可讓您打開和查看 PDB 文件。您可以找到許多允許您分析蛋白質結構的分子可視化和分析工具。

它允許您自定義分子、原子、鍵、殘基等的顯示。您可以為每個顯示類型選擇不同的顯示類型，例如 Ball & Stick、CPK、Hemisphere、SoSphere、Full Sphere、Cylinder、SoCylinder、Semicylinder、 Wire、Stick、Line Tape 等。此外，您可以調整 3D 視圖屬性、顯示/隱藏邊界框、使用著色器等。它允許您通過更改結構表面的電子密度來查看 PDB 文件和為結構添加可用於溶劑的表面。

您可以在其中找到一個動畫功能來重現分子結構的動畫。它還有一個帶有適當工具的特殊“分析”菜單。使用分析工具，您可以確定結構的網格數據、旋轉密度、分子靜電勢、發射光譜、距離、角度等。

它還允許您將 PDB 文件轉換為各種文件格式。這些格式包括 PDF、PS、EPS 和圖像。如果你喜歡它，你可以在這裡得到它。

E] 磨削

您還可以使用 RasMol 在 Windows 11/10 上查看 PDB 文件。它是免費的開源軟件，可讓您可視化和分析分子結構。它還支持打開和查看其他文件，如 MOL、XYZ、CIF、MOPAC 等。

它允許您將結構查看為框架、經線、桿、絲帶、股線等。您還可以用不同的顏色突出顯示結構的不同部分。它還允許您根據自己的喜好顯示或隱藏氫原子、雜原子、陰影、標籤等。您還可以測量結構中的距離、扭轉、角度和其他值。

該軟件可在此處獲得。

2] 嘗試使用免費的在線工具來讀取 PDB 文件。

您還可以使用免費的在線工具打開和查看 PDB 文件。您所要做的就是在 Web 瀏覽器中打開該網站並下載 PDB 文件以查看它。您可以嘗試以下一些不錯的免費在線 PDB 查看器：

RCSB PDB
摩爾軟件

A] RCSB PDB

您可以使用這個名為 RCSB PDB 的免費在線工具來可視化蛋白質數據庫文件。它允許您導入 PDB 文件，然後可視化和分析其分子結構。

您可以找到一些基本的可視化功能，如縮放、旋轉、高級端口視圖切換、相機重置、選擇模式切換等。它還允許您調整一些設置或控制選項，如相機模式（透視或正交）、背景顏色、開啟/離開。禁用遮擋、啟用/禁用霧、剪輯、位置等。

它帶有動畫功能。使用它，您可以自動旋轉蛋白質結構。有了這個，您可以調整旋轉速度和角度。您還可以獲得專用的測量工具。使用此工具，您可以找出距離、方向、角度等多個值。

除了這些功能之外，還有其他幾個方便的工具可供使用：結構主題搜索、添加組件、動畫導出、幾何導出（STL、OBJ 等）和模型導出。

總而言之，這是一個非常棒的免費在線 PDB 查看器，帶有一組很棒的可視化工具。你可以在這裡試試。

B] 摩爾軟

Molsoft 是另一個可用於可視化 PDB 結構的在線工具。這是一個具有基本功能的簡單 PDB 文件查看器。首先，打開他的網站並單擊帶有三個欄的菜單項。之後，選擇“打開”選項以導入本地保存的 PDB 文件或從您的 Google Drive 上傳文件。當您選擇一個文件時，它會在查看器中顯示分子結構。

您可以使用不同的視圖模式來可視化結構。這些視圖包括線框、肌酸磷酸激酶 (CPK)、球棒、絲帶等。您可以輕鬆地在這些視圖模式之間切換以滿足您的要求。此外，它還允許您啟用或禁用原子標記、殘基標記、氫鍵和位點，以便更好地了解結構。

它還提供測量工具。您可以在模型中測量距離、平面角和扭轉角。此外，還提供了一個方便的 Color by 功能，它允許您按原子類型、鏈、對齊、二級結構等對結構進行著色。

這是另一個不錯的在線 PDB 文件查看器，您可以免費試用。

如何從蛋白質數據庫下載 PDB 文件？

要從蛋白質數據庫下載 PDB 文件，您可以訪問蛋白質數據庫網站，輸入並蒐索蛋白質或大分子的名稱，例如人血紅蛋白、幾丁質酶等，然後從搜索結果中選擇文件並使用下載選項下載 PDB 文件。就如此容易。

如何查看 PDB 結構？

可以使用專用的在線工具或軟件應用程序查看 PDB 的分子結構。您可以嘗試 IQmol、Swiss-PdbViewer 和 CueMol 等免費軟件來可視化和分析 PC 上的 PDB 結構。如果您更喜歡使用在線工具，有很多選擇。例如，嘗試 RCSB PDB 和 Molsoft 等 Web 服務。這些是免費的在線 PDB 文件查看器，提供先進的分子可視化和分析工具。

如何將 PDB 文件轉換為 PDF？

要將 PDB 文件轉換為 PDF，您可以使用這個名為 Molekel 的免費桌面應用程序。它提供了一個特殊的“保存為 PDF”選項，允許您將 PDB 文件轉換為 PDF 格式。您可以打開 PDB 文件，然後單擊“文件”>“保存為 PDF”將 PDB 轉換為 PDF。我們已經在這篇文章中詳細討論了這個軟件，請在上面查看。

就這樣。

資料來源：Windows 俱樂部