O que é um arquivo Protein Data Bank (PDB)? Como abri-lo e visualizá-lo no Windows 11?

Os arquivos Protein Data Bank (PDB) são arquivos moleculares tridimensionais que armazenam estruturas moleculares. Agora, se você está se perguntando como abrir esses arquivos no PC, este post vai lhe interessar. Aqui discutiremos os arquivos PDB em detalhes e como visualizar esses arquivos no Windows 11/10. Então, sem mais delongas, vamos conferir!

O que é um arquivo Protein Data Bank (PDB)?

O Protein Data Bank (PDB) é um banco de dados de dados estruturais 3D para proteínas, ácidos nucléicos e outras moléculas grandes. Um arquivo com a extensão pdb é basicamente um arquivo contendo dados relacionados à estrutura de uma molécula biológica 3D. Os dados incluem coordenadas atômicas, estruturas atômicas, conectividade atômica, estrutura de proteínas, estrutura de ácido nucleico e muito mais. Ele também contém metadados experimentais.

Este formato de arquivo é amplamente utilizado em bioinformática para trocar coordenadas de proteínas. Ele contém milhares de linhas que descrevem a estrutura de uma proteína. Agora, se você quiser ler ou visualizar arquivos PDB em um PC com Windows, precisará usar uma ferramenta de terceiros dedicada, pois não há aplicativo nativo para isso. Neste post, discutiremos diferentes maneiras de visualizar o arquivo PDB no Windows 11/10.

Como visualizar o arquivo Protein Data Bank (PDB) no Windows 11?

Existem duas maneiras de visualizar o arquivo Protein Data Bank (PDB) no Windows 11/10, a saber:

1. Use software gratuito para visualizar arquivos PDB.
2. Experimente uma ferramenta online gratuita para ler arquivos PDB.

1] Use software livre para visualizar arquivos PDB.

Você pode usar software Windows de terceiros que permite abrir e visualizar arquivos PDB. Existem vários aplicativos de desktop gratuitos disponíveis para Windows que você pode experimentar. Aqui estão alguns bons que você pode usar:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Molekel
• Rasmol

A] IKmol

IQmol é um editor molecular gratuito e de código aberto e software de visualização para Windows 11/10. Com ele, você pode visualizar o PDB, bem como vários outros arquivos de moléculas 3D como MOL, SMI, CUBE, XYZ, etc. Neste software, você pode encontrar todas as ferramentas importantes de visualização molecular. Essas ferramentas variam do básico ao avançado. Além de visualizar o arquivo PDB, você também pode editar a estrutura molecular.

Ele permite que você abra vários arquivos PDB ao mesmo tempo e visualize todos ao mesmo tempo. No painel Model View, você pode habilitar ou desabilitar a renderização de um ou mais arquivos PDB.

As principais características do IQmol:

Os recursos deste visualizador de arquivos PDB gratuito e de código aberto que você pode analisar são:

• Você pode encontrar todas as ferramentas padrão de navegação de arquivos, incluindo zoom in/zoom out (com a roda do mouse), pan, girar, tela cheia, modo de visualização de redefinição, eixos de exibição, etc.
• Ele permite que você personalize a aparência do modelo editando parâmetros como sombreador, luz ambiente, luz ambiente, intensidade do nevoeiro, realces, intensidade do ruído, configurações do POV-Ray, etc.
• Você também pode adicionar rótulos atômicos, como massa atômica, carga parcial, NMR, densidade de spin, etc.
• Isso permite que você personalize as configurações da câmera ao seu gosto. Você pode ajustar a projeção da câmera, posição, etc.
• Possui um prático recurso de Rotação Automática que permite girar automaticamente o modelo molecular.
• Você pode salvar a representação da estrutura da proteína atual em um formato de imagem como PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, etc.
• Ele também permite converter PDB para outros arquivos de moléculas usando o recurso “Salvar como”. Formatos de saída suportados: XYZ, MOL, MOL2, CML, etc.
• Você também pode usar suas funções de cálculo para calcular a energia da estrutura molecular, forças, varredura PES, estado de transição, deslocamentos químicos, geometria, decomposição de energia, correção BSSE, etc.

Além das funções de visualização, você obtém um menu Build especial com um conjunto de funções de construção molecular. Esses recursos incluem adicionar novos átomos, inserir novas moléculas, minimizar a estrutura, definir isótopos e muito mais.

Este é um ótimo software de modelagem molecular com o qual você pode visualizar arquivos do Protein Data Bank no seu PC. Se gostar, baixe aqui .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer é um visualizador de arquivos PDB gratuito especial para Windows 11/10. Ele permite visualizar e analisar várias estruturas de proteínas simultaneamente. Você pode analisar a estrutura da proteína, estrutura do DNA, etc. contidas no arquivo PDB. Além do arquivo PDB, também permite abrir e visualizar arquivos MOL e MMCIF.

Quando você abre um arquivo PDB, uma visualização 3D é exibida na interface junto com uma janela do painel de controle. O painel de controle contém informações gerais, uma lista e um título de arquivo. Você pode facilmente mover a estrutura, girá-la, aumentar/diminuir o zoom, etc.

Também permite mostrar ou ocultar a superfície do ponto, base, ligações de hidrogênio, vetores de força e muito mais, de acordo com suas preferências. Você também pode destacar diferentes partes com diferentes esquemas de cores para analisar melhor a estrutura. Além disso, você pode usar recursos de exibição como Renderizar em 3D sólido, Renderizar POV, Exibir rótulos e muito mais.

Além das ferramentas de visualização, você também obtém muitos recursos de modelagem molecular. Além disso, ele também possui cálculo de energia, cálculo de ligação H, análise de domínio, detecção de domínio, criação de motivos 3D, construção de simetria cristalográfica e outras ferramentas.

Você pode baixá-lo no site oficial .

C] Kyu Mall

CueMol é outro visualizador de PDB gratuito para Windows 11/10. É uma ferramenta de visualização de estrutura macromolecular com a qual você pode visualizar arquivos PDB. Outros arquivos que você pode abrir e visualizar nele são DX, MAP, MTZ, CNS, etc.

Ele permite alternar entre vistas em perspectiva e ortográficas, girar o modelo, aumentar/diminuir o zoom, etc. Você pode renderizar o modelo usando o POV-Ray e seus métodos de renderização de animação. A estrutura renderizada pode ser salva no formato PNG. Também está disponível uma ferramenta de medição que permite medir distância, ângulo e torção no modelo.

Você também pode encontrar algumas ferramentas adicionais para analisar melhor a estrutura da proteína. Essas ferramentas incluem superposição molecular, cortador de superfície mol, criação de superfície mol, editor de ligação mol, análise de interação, animação de morf de mol , etc.

É um bom software para visualizar e analisar a estrutura proteica presente em arquivos PDB.

D] Moleque

O próximo software visualizador de PDB nesta lista é o Molekel. Este é um software de visualização molecular bastante antigo, mas poderoso, que permite abrir e visualizar arquivos PDB. Você pode encontrar muitas ferramentas de visualização e análise molecular que permitem analisar estruturas de proteínas.

Permite personalizar a exibição de moléculas, átomos, ligações, resíduos, etc. Você pode escolher diferentes tipos de exibição para cada um deles, como Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Line Tape, etc. Além disso, você pode ajustar as propriedades de visualização 3D, mostrar/ocultar caixas delimitadoras, usar shaders, etc. Permite visualizar o arquivo PDB alterando a densidade eletrônica da superfície da estrutura e adicionando uma superfície disponível para solvente, à estrutura.

Você pode encontrar uma função de animação nele para reproduzir a animação da estrutura da molécula. Também possui um menu especial “Análise” com ferramentas apropriadas. Usando ferramentas de análise, você pode determinar dados de grade, densidade rotacional, potencial eletrostático molecular, espectro de emissão, distância, ângulo e muito mais para uma estrutura.

Também permite converter arquivos PDB para vários formatos de arquivo. Esses formatos incluem PDF, PS, EPS e Imagem. Se você gostou, você pode obtê-lo aqui .

E] Moagem

Você também pode usar o RasMol para visualizar arquivos PDB no Windows 11/10. É um software gratuito e de código aberto que permite visualizar e analisar estruturas moleculares. Ele também suporta a abertura e visualização de outros arquivos como MOL, XYZ, CIF, MOPAC, etc.

Permite visualizar a estrutura como uma moldura, urdidura, varetas, fitas, fios, etc. Você também pode destacar diferentes partes da estrutura com cores diferentes. Também permite mostrar ou ocultar átomos de hidrogênio, heteroátomos, sombras, rótulos, etc. de acordo com sua preferência. Você também pode medir distância, torção, ângulo e outros valores em uma estrutura.

Este software está disponível aqui .

2] Experimente uma ferramenta online gratuita para ler arquivos PDB.

Você também pode usar uma ferramenta online gratuita para abrir e visualizar arquivos PDB. Tudo o que você precisa fazer é abrir o site em um navegador da Web e baixar o arquivo PDB para visualizá-lo. Aqui estão alguns bons visualizadores de PDB online gratuitos que você pode experimentar:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB PDB

Você pode usar esta ferramenta online gratuita chamada RCSB PDB para visualizar os arquivos do Protein Data Bank. Permite importar um arquivo PDB e visualizar e analisar sua estrutura molecular.

Você pode encontrar alguns recursos básicos de visualização, como zoom, rotação, alternância de visualização avançada da porta, redefinição da câmera, alternância do modo de seleção, etc. /desligado. desabilitar a oclusão, habilitar/desabilitar névoa, recorte, localização, etc.

Ele vem com um recurso de animação . Usando isso, você pode girar automaticamente a estrutura da proteína. Com isso, você pode ajustar a velocidade e o ângulo de rotação. Você também obtém uma ferramenta de medição dedicada . Usando esta ferramenta, você pode descobrir vários valores, como distância, orientação, ângulo e muito mais.

Além desses recursos, várias outras ferramentas úteis estão disponíveis: pesquisa de motivos de estrutura, adição de componentes, exportação de animação, exportação de geometria (STL, OBJ, etc.) e exportação de modelo.

Em suma, este é um visualizador de PDB online gratuito muito bom com um ótimo conjunto de ferramentas de visualização. Você pode tentar aqui .

B] Molsoft

Molsoft é outra ferramenta online que pode ser usada para visualizar estruturas PDB. Este é um visualizador de arquivos PDB simples com recursos básicos. Para começar, abra o site dele e clique no item de menu com as três barras. Depois disso, selecione a opção “Abrir” para importar um arquivo PDB salvo localmente ou fazer upload de um arquivo do seu Google Drive. Quando você seleciona um arquivo, ele mostra a estrutura molecular no visualizador.

Você pode usar diferentes modos de visualização para visualizar a estrutura. Essas visualizações incluem wireframe, creatina fosfoquinase (CPK), bola e haste, fita e muito mais. Você pode alternar facilmente entre esses modos de visualização para atender às suas necessidades. Além disso, permite ativar ou desativar rótulos de átomos, rótulos de resíduos, ligações de hidrogênio e locais para um melhor entendimento da estrutura.

Ele também fornece ferramentas de medição. Você pode medir distância, ângulo plano e ângulo de torção no modelo. Além disso, está disponível uma útil função Color by, que permite colorir a estrutura por tipo de átomo, cadeia, alinhamento, estrutura secundária, etc.

Este é outro bom visualizador de arquivos PDB online que você pode experimentar gratuitamente.

Como baixar um arquivo PDB do Protein Data Bank?

Para baixar um arquivo PDB do Protein Data Bank, você pode visitar o site do Protein Data Bank, digitar e pesquisar o nome da proteína ou macromolécula, como hemoglobina humana, quitinase, etc. use a opção de download para baixar o arquivo PDB. Tão simples como isso.

Como visualizar estruturas PDB?

As estruturas moleculares do PDB podem ser visualizadas usando uma ferramenta online dedicada ou aplicativo de software. Você pode experimentar softwares gratuitos como IQmol, Swiss-PdbViewer e CueMol para visualizar e analisar estruturas PDB em seu PC. Se você preferir usar uma ferramenta online, há muitas opções. Por exemplo, tente serviços da Web como RCSB PDB e Molsoft. Estes são visualizadores de arquivos PDB online gratuitos que fornecem ferramentas avançadas de visualização e análise molecular.

Como converter arquivo PDB para PDF?

Para converter o arquivo PDB para PDF, você pode usar este aplicativo de desktop gratuito chamado Molekel. Ele fornece uma opção especial “Salvar em PDF” que permite converter o arquivo PDB para o formato PDF. Você pode abrir o arquivo PDB e clicar em “Arquivo” > “Salvar em PDF” para converter PDB em PDF. Discutimos este software em detalhes neste post, confira acima.

Isso é tudo.

Fonte: Clube do Windows