Co to jest plik Protein Data Bank (PDB)? Jak otworzyć i wyświetlić w systemie Windows 11?

Pliki Protein Data Bank (PDB) to trójwymiarowe pliki molekularne, które przechowują struktury molekularne. Teraz, jeśli zastanawiasz się, jak otworzyć takie pliki na PC, ten post Cię zainteresuje. Tutaj omówimy szczegółowo pliki PDB i sposób ich przeglądania w systemie Windows 11/10. Więc bez zbędnych ceregieli, sprawdźmy to!

Co to jest plik Protein Data Bank (PDB)?

Protein Data Bank (PDB) to baza danych danych strukturalnych 3D dla białek, kwasów nukleinowych i innych dużych cząsteczek. Plik z rozszerzeniem pdb to w zasadzie plik zawierający dane związane ze strukturą cząsteczki biologicznej 3D. Dane obejmują współrzędne atomowe, struktury atomowe, łączność atomową, strukturę białka, strukturę kwasu nukleinowego i inne. Zawiera również eksperymentalne metadane.

Ten format pliku jest szeroko stosowany w bioinformatyce do wymiany współrzędnych białek. Zawiera tysiące linii opisujących strukturę białka. Teraz, jeśli chcesz czytać lub przeglądać pliki PDB na komputerze z systemem Windows, musisz użyć dedykowanego narzędzia innej firmy, ponieważ nie ma do tego natywnej aplikacji. W tym poście omówimy różne sposoby przeglądania pliku PDB w systemie Windows 11/10.

Jak wyświetlić plik Protein Data Bank (PDB) w systemie Windows 11?

Istnieją dwa sposoby przeglądania pliku Protein Data Bank (PDB) w systemie Windows 11/10, a mianowicie:

1. Użyj bezpłatnego oprogramowania do przeglądania plików PDB.
2. Wypróbuj bezpłatne narzędzie online do odczytywania plików PDB.

1] Użyj bezpłatnego oprogramowania do przeglądania plików PDB.

Możesz użyć oprogramowania Windows innej firmy, które umożliwia otwieranie i przeglądanie plików PDB. Dostępnych jest kilka bezpłatnych aplikacji komputerowych dla systemu Windows, które możesz wypróbować. Oto kilka dobrych, których możesz użyć:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Kumol
• Molekel
• Rasmol

A] IKmol

IQmol to darmowy edytor molekularny i oprogramowanie do wizualizacji o otwartym kodzie źródłowym dla systemu Windows 11/10. Korzystając z niego, możesz przeglądać PDB, a także różne inne pliki cząsteczek 3D, takie jak MOL, SMI, CUBE, XYZ itp. W tym oprogramowaniu możesz znaleźć wszystkie ważne narzędzia do wizualizacji molekularnej. Narzędzia te wahają się od podstawowych do zaawansowanych. Oprócz przeglądania pliku PDB możesz również edytować strukturę molekularną.

Umożliwia jednoczesne otwieranie wielu plików PDB i przeglądanie ich wszystkich w tym samym czasie. W panelu Widok modelu można włączyć lub wyłączyć renderowanie jednego lub więcej plików PDB.

Główne cechy IQmol:

Funkcje tej bezpłatnej i otwartej przeglądarki plików PDB, do której możesz się przyjrzeć, to:

• Możesz znaleźć wszystkie standardowe narzędzia do przeglądania plików, w tym powiększanie/pomniejszanie (za pomocą kółka myszy), przesuwanie, obracanie, pełny ekran, resetowanie trybu widoku, wyświetlanie osi itp.
• Pozwala dostosować wygląd modelu, edytując parametry, takie jak shader, światło otoczenia, światło otoczenia, siła mgły, światła, intensywność szumów, ustawienia POV-Ray itp.
• Możesz także dodać etykiety atomowe, takie jak masa atomowa, ładunek częściowy, NMR, gęstość spinowa itp.
• Pozwala to dostosować ustawienia aparatu do własnych upodobań. Możesz dostosować projekcję kamery, pozycję itp.
• Posiada przydatną funkcję Auto Rotation , która pozwala na automatyczne obracanie modelu molekularnego.
• Możesz zapisać aktualną reprezentację struktury białka w formacie obrazu, takim jak PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS itp.
• Pozwala także na konwersję PDB na inne pliki cząsteczek za pomocą funkcji „Zapisz jako”. Obsługiwane formaty wyjściowe: XYZ, MOL, MOL2, CML itp.
• Możesz również użyć jego funkcji obliczeniowych do obliczenia energii struktury molekularnej, sił, skanowania PES, stanu przejściowego, przesunięć chemicznych, geometrii, rozkładu energii, korekcji BSSE itp.

Oprócz funkcji przeglądania otrzymujesz specjalne menu Build z zestawem funkcji budowy molekularnej. Funkcje te obejmują dodawanie nowych atomów, wstawianie nowych cząsteczek, minimalizowanie struktury, ustawianie izotopów i wiele innych.

To naprawdę dobre oprogramowanie do modelowania molekularnego, za pomocą którego możesz wizualizować pliki Protein Data Bank na swoim komputerze. Jeśli Ci się spodoba, pobierz go stąd .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer to specjalna darmowa przeglądarka plików PDB dla systemu Windows 11/10. Pozwala na wizualizację i analizę kilku struktur białkowych jednocześnie. Możesz analizować strukturę białka, strukturę DNA itp. zawarte w pliku PDB. Oprócz pliku PDB umożliwia także otwieranie i przeglądanie plików MOL i MMCIF.

Po otwarciu pliku PDB w interfejsie wyświetlany jest widok 3D wraz z oknem panelu sterowania. Panel sterowania zawiera informacje ogólne, listę i tytuł pliku. Możesz łatwo przesuwać konstrukcję, obracać ją, przybliżać/oddalać itp.

Umożliwia również pokazywanie lub ukrywanie powierzchni punktu, podstawy, wiązań wodorowych, wektorów sił i nie tylko, zgodnie z własnymi preferencjami. Możesz także wyróżnić różne części różnymi schematami kolorów, aby lepiej przeanalizować strukturę. Ponadto można korzystać z funkcji wyświetlania, takich jak renderowanie w Solid 3D, renderowanie POV, wyświetlanie etykiet i innych.

Oprócz narzędzi do wizualizacji otrzymujesz również wiele funkcji modelowania molekularnego. Ponadto oferuje również obliczanie energii, obliczanie wiązań H, analizę domen, wykrywanie domen, tworzenie motywów 3D, budowanie symetrii krystalograficznej i inne narzędzia.

Możesz go pobrać z oficjalnej strony .

C] KyuMall

CueMol to kolejna darmowa przeglądarka plików PDB dla systemu Windows 11/10. Jest to narzędzie do wizualizacji struktur makromolekularnych, za pomocą którego można przeglądać pliki PDB. Inne pliki, które możesz w nim otwierać i przeglądać to DX, MAP, MTZ, CNS itp.

Pozwala przełączać się między widokiem perspektywicznym i ortogonalnym, obracać model, przybliżać/oddalać itp. Możesz renderować model za pomocą POV-Ray i jego metod renderowania animacji. Wyrenderowaną strukturę można zapisać w formacie PNG. Dostępne jest również narzędzie pomiarowe, które umożliwia pomiar odległości, kąta i skrętu modelu.

Możesz również znaleźć dodatkowe narzędzia do dalszej analizy struktury białka. Narzędzia te obejmują superpozycję molekularną, obcinanie powierzchni Mol, tworzenie powierzchni Mol, edytor wiązań Mol, analizę interakcji, animację zmiany kształtu mola itp.

Jest to dobre oprogramowanie do wizualizacji i analizy struktury białek obecnych w plikach PDB.

D] Molekel

Kolejnym oprogramowaniem do przeglądania plików PDB na tej liście jest Molekel. Jest to dość stare, ale potężne oprogramowanie do wizualizacji molekularnej, które umożliwia otwieranie i przeglądanie plików PDB. Możesz znaleźć wiele narzędzi do wizualizacji i analizy molekularnej, które pozwalają analizować struktury białek.

Pozwala dostosować wyświetlanie cząsteczek, atomów, wiązań, pozostałości itp. Możesz wybrać różne typy wyświetlania dla każdego z nich, takie jak Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Line Tape itp. Ponadto można dostosować właściwości widoku 3D, pokazać/ukryć ramki ograniczające, użyć shaderów itp. Pozwala na przeglądanie pliku PDB poprzez zmianę gęstości elektronowej powierzchni konstrukcji i dodanie do struktury powierzchni dostępnej dla rozpuszczalnika.

Można w nim znaleźć funkcję animacji , która odtwarza animację struktury cząsteczki. Posiada również specjalne menu „Analiza” z odpowiednimi narzędziami. Korzystając z narzędzi analitycznych, można określić dane siatki, gęstość obrotową, molekularny potencjał elektrostatyczny, widmo emisji, odległość, kąt i inne parametry struktury.

Umożliwia także konwersję plików PDB do różnych formatów plików. Te formaty obejmują PDF, PS, EPS i obraz. Jeśli Ci się spodobało, możesz je dostać tutaj .

E] Szlifowanie

Możesz także użyć RasMol do przeglądania plików PDB w systemie Windows 11/10. Jest to bezpłatne oprogramowanie typu open source, które umożliwia wizualizację i analizę struktur molekularnych. Obsługuje również otwieranie i przeglądanie innych plików, takich jak MOL, XYZ, CIF, MOPAC itp.

Pozwala na oglądanie konstrukcji jako ramy, osnowy, prętów, wstążek, nici itp. Można również wyróżnić różne części konstrukcji różnymi kolorami. Pozwala również pokazać lub ukryć atomy wodoru, heteroatomy, cienie, etykiety itp. zgodnie z własnymi preferencjami. Możesz także mierzyć odległość, skręcanie, kąt i inne wartości w konstrukcji.

To oprogramowanie jest dostępne tutaj .

2] Wypróbuj bezpłatne narzędzie online do odczytu plików PDB.

Możesz także użyć bezpłatnego narzędzia online do otwierania i przeglądania plików PDB. Wystarczy otworzyć witrynę w przeglądarce internetowej i pobrać plik PDB, aby go wyświetlić. Oto kilka dobrych darmowych przeglądarek PDB online, które możesz wypróbować:

• WPB RCSB
• Molsoft

A] WPB RCSB

Możesz użyć tego bezpłatnego narzędzia online o nazwie RCSB PDB do wizualizacji plików Protein Data Bank. Pozwala zaimportować plik PDB, a następnie zwizualizować i przeanalizować jego strukturę molekularną.

Możesz znaleźć kilka podstawowych funkcji wizualizacji, takich jak powiększanie, obracanie, zaawansowane przełączanie widoku portu, resetowanie kamery, przełączanie trybu wyboru itp. Pozwala również dostosować niektóre ustawienia lub opcje sterowania, takie jak tryb kamery (perspektywiczny lub ortogonalny), kolor tła, włączony /wyłączony. wyłącz okluzję, włącz/wyłącz mgłę, przycinanie, lokalizację itp.

Jest wyposażony w funkcję animacji . Korzystając z tego, możesz automatycznie obracać strukturę białka. Dzięki temu możesz dostosować prędkość i kąt obrotu. Dostajesz również dedykowane narzędzie pomiarowe. Za pomocą tego narzędzia możesz znaleźć wiele wartości, takich jak odległość, orientacja, kąt i inne.

Oprócz tych funkcji dostępnych jest kilka innych przydatnych narzędzi: wyszukiwanie motywów konstrukcji, dodawanie komponentów, eksport animacji, eksport geometrii (STL, OBJ itp.) oraz eksport modelu.

Podsumowując, jest to naprawdę dobra darmowa przeglądarka plików PDB online ze świetnym zestawem narzędzi do wizualizacji. Możesz spróbować tutaj .

B] Molsoft

Molsoft to kolejne narzędzie online, które można wykorzystać do wizualizacji struktur PDB. Jest to prosta przeglądarka plików PDB z podstawowymi funkcjami. Aby rozpocząć, otwórz jego witrynę i kliknij pozycję menu z trzema paskami. Następnie wybierz opcję „Otwórz”, aby zaimportować lokalnie zapisany plik PDB lub przesłać plik z Dysku Google. Po wybraniu pliku pokaże on strukturę molekularną w przeglądarce.

Do wizualizacji struktury można używać różnych trybów widoku. Widoki te obejmują model szkieletowy, fosfokinazę kreatynową (CPK), kulkę i pręt, wstążkę itp. Możesz łatwo przełączać się między tymi trybami widoku, aby dostosować je do swoich wymagań. Ponadto umożliwia włączanie lub wyłączanie etykiet atomów, etykiet pozostałości, wiązań wodorowych i miejsc w celu lepszego zrozumienia struktury.

Zapewnia również narzędzia pomiarowe. W modelu można mierzyć odległość, kąt płaski i kąt skrętu. Ponadto dostępna jest przydatna funkcja Koloruj według, która umożliwia pokolorowanie struktury według typu atomu, łańcucha, wyrównania, struktury drugorzędowej itp.

To kolejna dobra przeglądarka plików PDB online, którą możesz wypróbować za darmo.

Jak pobrać plik PDB z Protein Data Bank?

Aby pobrać plik PDB z Protein Data Bank, możesz odwiedzić stronę Protein Data Bank, wpisać i wyszukać nazwę białka lub makrocząsteczki, takiej jak ludzka hemoglobina, chitynaza itp. Następnie wybierz plik z wyników wyszukiwania i użyj opcji pobierania, aby pobrać plik PDB. Tak proste jak to.

Jak przeglądać struktury PDB?

Struktury molekularne PDB można przeglądać za pomocą dedykowanego narzędzia online lub aplikacji oprogramowania. Możesz wypróbować darmowe oprogramowanie, takie jak IQmol, Swiss-PdbViewer i CueMol, aby wizualizować i analizować struktury PDB na swoim komputerze. Jeśli wolisz korzystać z narzędzia online, istnieje wiele opcji. Na przykład wypróbuj usługi internetowe, takie jak RCSB PDB i Molsoft. Są to bezpłatne internetowe przeglądarki plików PDB, które zapewniają zaawansowane narzędzia do wizualizacji i analizy molekularnej.

Jak przekonwertować plik PDB do formatu PDF?

Aby przekonwertować plik PDB do formatu PDF, możesz użyć tej bezpłatnej aplikacji komputerowej o nazwie Molekel. Zapewnia specjalną opcję „Zapisz do PDF”, która umożliwia konwersję pliku PDB do formatu PDF. Możesz otworzyć plik PDB, a następnie kliknąć „Plik”> „Zapisz do PDF”, aby przekonwertować PDB na PDF. Omówiliśmy to oprogramowanie szczegółowo w tym poście, sprawdź to powyżej.

To wszystko.

Źródło: Klub Windows