Wat is een Protein Data Bank (PDB)-bestand? Hoe het te openen en te bekijken in Windows 11?

2022/09/20

Protein Data Bank (PDB) -bestanden zijn driedimensionale moleculaire bestanden die moleculaire structuren opslaan. Als u zich nu afvraagt hoe u dergelijke bestanden op pc kunt openen, zal dit bericht u interesseren. Hier zullen we PDB-bestanden in detail bespreken en hoe u dergelijke bestanden kunt bekijken in Windows 11/10. Dus, zonder verder oponthoud, laten we het eens bekijken!

Wat is een Protein Data Bank (PDB)-bestand?

De Protein Data Bank (PDB) is een database met 3D-structuurgegevens voor eiwitten, nucleïnezuren en andere grote moleculen. Een bestand met de extensie pdb is in feite een bestand dat gegevens bevat met betrekking tot de structuur van een biologisch 3D-molecuul. De gegevens omvatten atomaire coördinaten, atomaire structuren, atomaire connectiviteit, eiwitstructuur, nucleïnezuurstructuur en meer. Het bevat ook experimentele metadata.

Dit bestandsformaat wordt veel gebruikt in de bio-informatica om eiwitcoördinaten uit te wisselen. Het bevat duizenden regels die de structuur van een eiwit beschrijven. Als u nu PDB-bestanden op een Windows-pc wilt lezen of bekijken, moet u een speciale tool van derden gebruiken, want daar is geen native app voor. In dit bericht zullen we verschillende manieren bespreken om het PDB-bestand in Windows 11/10 te bekijken.

Hoe het Protein Data Bank-bestand (PDB) te bekijken in Windows 11?

Er zijn twee manieren om het Protein Data Bank (PDB)-bestand in Windows 11/10 te bekijken, namelijk:

Gebruik gratis software om PDB-bestanden te bekijken.
Probeer een gratis online tool om PDB-bestanden te lezen.

1] Gebruik gratis software om PDB-bestanden te bekijken.

U kunt Windows-software van derden gebruiken waarmee u PDB-bestanden kunt openen en bekijken. Er zijn verschillende gratis desktop-apps beschikbaar voor Windows die u kunt proberen. Hier zijn enkele goede die u kunt gebruiken:

IQmol
Swiss-PdbViewer
Cumol
Molekel
Rasmol

A] IKmol

IQmol is een gratis en open source moleculaire editor en visualisatiesoftware voor Windows 11/10. Hiermee kunt u zowel PDB als verschillende andere 3D-molecuulbestanden bekijken, zoals MOL, SMI, CUBE, XYZ, enz. In deze software kunt u alle belangrijke moleculaire visualisatietools vinden. Deze tools variëren van eenvoudig tot geavanceerd. Naast het bekijken van het PDB-bestand, kunt u ook de moleculaire structuur bewerken.

Hiermee kunt u meerdere PDB-bestanden tegelijkertijd openen en ze allemaal tegelijkertijd bekijken. In het deelvenster Modelweergave kunt u de weergave van een of meer PDB-bestanden in- of uitschakelen.

De belangrijkste kenmerken van IQmol:

De kenmerken van deze gratis en open source PDB-bestandsviewer waar u naar kunt kijken zijn:

U kunt alle standaard hulpmiddelen voor het bladeren door bestanden vinden, inclusief in- en uitzoomen (met muiswiel), pannen, roteren, volledig scherm, weergavemodus resetten, weergave-assen, enz.
Hiermee kunt u het uiterlijk van het model aanpassen door parameters zoals arcering, omgevingslicht, omgevingslicht, miststerkte, highlights, ruisintensiteit, POV-Ray-instellingen, enz.
U kunt ook atoomlabels toevoegen, zoals atoommassa, gedeeltelijke lading, NMR, spindichtheid, enz.
Hiermee kun je de camera-instellingen naar wens aanpassen. U kunt cameraprojectie, positie, enz. aanpassen.
Het heeft een handige Auto Rotation -functie waarmee u het moleculaire model automatisch kunt roteren.
U kunt de huidige weergave van de eiwitstructuur opslaan in een afbeeldingsindeling zoals PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, enz.
Het stelt u ook in staat om PDB naar andere molecuulbestanden te converteren met behulp van de functie “Opslaan als”. Ondersteunde uitvoerformaten: XYZ, MOL, MOL2, CML, enz.
U kunt de berekeningsfuncties ook gebruiken om energie, krachten, PES-scan, overgangstoestanden, chemische verschuivingen, geometrie, energiedecompositie, BSSE-correctie, enz. van de moleculaire structuur te berekenen.

Naast het bekijken van functies, krijg je een speciaal Build-menu met een set moleculaire constructiefuncties. Deze functies omvatten het toevoegen van nieuwe atomen, het invoegen van nieuwe moleculen, het minimaliseren van de structuur, het instellen van isotopen en meer.

Dit is echt goede moleculaire modelleringssoftware waarmee je Protein Data Bank-bestanden op je pc kunt visualiseren. Als je het leuk vindt, download het dan hier .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer is een speciale gratis PDB-bestandsviewer voor Windows 11/10. Hiermee kunt u meerdere eiwitstructuren tegelijk visualiseren en analyseren. U kunt de eiwitstructuur, DNA-structuur, enz. in het PDB-bestand analyseren. Afgezien van het PDB-bestand, kunt u ook MOL- en MMCIF-bestanden openen en bekijken.

Wanneer u een PDB-bestand opent, wordt een 3D-weergave weergegeven op de interface samen met een bedieningspaneelvenster. Het configuratiescherm bevat algemene informatie, een lijst en een bestandstitel. U kunt de structuur gemakkelijk verplaatsen, draaien, in-/uitzoomen, enz.

Het stelt u ook in staat om het puntoppervlak, de basis, waterstofbruggen, krachtvectoren en meer te tonen of te verbergen volgens uw voorkeuren. U kunt ook verschillende delen markeren met verschillende kleurenschema’s om de structuur beter te analyseren. Daarnaast kunt u weergavefuncties gebruiken zoals Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels en meer.

Naast visualisatietools krijg je ook veel moleculaire modelleringsfuncties. Daarnaast biedt het ook energieberekening, H-bindingberekening, domeinanalyse, domeindetectie, het maken van 3D-motieven, het bouwen van kristallografische symmetrie en andere hulpmiddelen.

Je kunt het downloaden van de officiële site .

C] KyuMall

CueMol is een andere gratis PDB-viewer voor Windows 11/10. Het is een macromoleculaire structuurvisualisatietool waarmee u PDB-bestanden kunt bekijken. Andere bestanden die u erin kunt openen en bekijken zijn DX, MAP, MTZ, CNS, enz.

Hiermee kunt u schakelen tussen perspectief- en orthografische weergaven, het model roteren, in-/uitzoomen, enz. U kunt het model renderen met POV-Ray en de bijbehorende animatieweergavemethoden. De weergegeven structuur kan worden opgeslagen in PNG-indeling. Er is ook een meetinstrument beschikbaar waarmee u afstand, hoek en draaiing in het model kunt meten.

U kunt ook enkele aanvullende hulpmiddelen vinden om de eiwitstructuur verder te analyseren. Deze tools omvatten moleculaire superpositie, Mol-oppervlaksnijder, Mol-oppervlaktecreatie, Mol-bindingseditor, interactie-analyse, Mol-morph-animatie , enz.

Het is een goede software om de eiwitstructuur in PDB-bestanden te visualiseren en te analyseren.

D] Molekel

De volgende PDB-viewersoftware in deze lijst is Molekel. Dit is een vrij oude maar krachtige moleculaire visualisatiesoftware waarmee u PDB-bestanden kunt openen en bekijken. Je kunt veel moleculaire visualisatie- en analysetools vinden waarmee je eiwitstructuren kunt analyseren.

Hiermee kunt u de weergave van moleculen, atomen, bindingen, residuen, enz. aanpassen. U kunt voor elk van hen verschillende weergavetypen kiezen, zoals Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Draad, Stick, Line Tape, enz. Bovendien kunt u de 3D-weergave-eigenschappen aanpassen, begrenzingsvakken weergeven/verbergen, shaders gebruiken, enz. Hiermee kunt u het PDB-bestand bekijken door de elektronendichtheid van het oppervlak van de structuur te wijzigen en het toevoegen van een oppervlak dat beschikbaar is voor oplosmiddel, aan de structuur.

Je vindt er een animatiefunctie in om de animatie van de structuur van het molecuul te reproduceren. Het heeft ook een speciaal “Analyse”-menu met de juiste tools. Met behulp van analysetools kunt u rastergegevens, rotatiedichtheid, moleculair elektrostatisch potentieel, emissiespectrum, afstand, hoek en meer voor een structuur bepalen.

Het stelt u ook in staat om PDB-bestanden naar verschillende bestandsindelingen te converteren. Deze formaten omvatten PDF, PS, EPS en Afbeelding. Als je het leuk vond, kun je het hier krijgen .

E] Slijpen

U kunt RasMol ook gebruiken om PDB-bestanden te bekijken op Windows 11/10. Het is gratis en open source software waarmee je moleculaire structuren kunt visualiseren en analyseren. Het ondersteunt ook het openen en bekijken van andere bestanden zoals MOL, XYZ, CIF, MOPAC, enz.

Hiermee kunt u de structuur bekijken als een frame, schering, staven, linten, strengen, enz. U kunt ook verschillende delen van de structuur markeren met verschillende kleuren. Het stelt u ook in staat om waterstofatomen, heteroatomen, schaduwen, labels, enz. volgens uw voorkeur weer te geven of te verbergen. Je kunt ook afstand, torsie, hoek en andere waarden in een constructie meten.

Deze software is hier beschikbaar .

2] Probeer een gratis online tool om PDB-bestanden te lezen.

U kunt ook een gratis online tool gebruiken om PDB-bestanden te openen en te bekijken. Het enige dat u hoeft te doen, is de website in een webbrowser openen en het PDB-bestand downloaden om het te bekijken. Hier zijn enkele goede gratis online PDB-viewers die u kunt proberen:

RCSB VOB
Molsoft

A] RCSB VOB

U kunt deze gratis online tool genaamd RCSB PDB gebruiken om Protein Data Bank-bestanden te visualiseren. Hiermee kunt u een PDB-bestand importeren en vervolgens de moleculaire structuur ervan visualiseren en analyseren.

U kunt enkele basisvisualisatiefuncties vinden, zoals zoomen, roteren, geavanceerde poortweergave-omschakeling, camera-reset, selectiemodus-omschakeling, enz. U kunt ook enkele instellingen aanpassen of besturingsopties zoals cameramodus (perspectief of orthografische), achtergrondkleur, op /uit. occlusie uitschakelen, mist in-/uitschakelen, clipping, locatie, etc.

Het wordt geleverd met een animatiefunctie . Hiermee kun je de eiwitstructuur automatisch roteren. Hiermee kun je de rotatiesnelheid en hoek aanpassen. U krijgt ook een speciaal meetinstrument. Met deze tool kunt u meerdere waarden achterhalen, zoals afstand, oriëntatie, hoek en meer.

Naast deze functies zijn er verschillende andere handige tools beschikbaar: zoeken naar structuurmotieven, componenten toevoegen, animatie-export, geometrie-export (STL, OBJ, enz.) en modelexport.

Al met al is dit een echt goede gratis online PDB-viewer met een geweldige set visualisatietools. Je kunt het hier proberen .

B] Molsoft

Molsoft is een andere online tool die kan worden gebruikt om PDB-structuren te visualiseren. Dit is een eenvoudige PDB-bestandsviewer met basisfuncties. Open om te beginnen zijn website en klik op het menu-item met de drie balken. Selecteer daarna de optie “Openen” om een lokaal opgeslagen PDB-bestand te importeren of een bestand te uploaden vanaf uw Google Drive. Wanneer u een bestand selecteert, wordt de moleculaire structuur in de viewer weergegeven.

U kunt verschillende weergavemodi gebruiken om de structuur te visualiseren. Deze weergaven omvatten draadframe, creatinefosfokinase (CPK), bal en staaf, lint, enz. U kunt eenvoudig schakelen tussen deze weergavemodi om aan uw vereisten te voldoen. Bovendien kunt u atoomlabels, residulabels, waterstofbruggen en locaties in- of uitschakelen voor een beter begrip van de structuur.

Het biedt ook meetinstrumenten. U kunt afstand, vlakke hoek en draaihoek meten in het model. Daarnaast is er een handige Color by-functie beschikbaar, waarmee je de structuur kunt kleuren op atoomtype, ketting, uitlijning, secundaire structuur, etc.

Dit is een andere goede online PDB-bestandsviewer die u gratis kunt proberen.

Hoe een PDB-bestand downloaden van de Protein Data Bank?

Om een PDB-bestand van de Protein Data Bank te downloaden, kunt u de Protein Data Bank-website bezoeken, de naam van het eiwit of macromolecuul invoeren en zoeken, zoals humaan hemoglobine, chitinase, enz. Selecteer vervolgens het bestand uit de zoekresultaten en gebruik de downloadoptie om het PDB-bestand te downloaden. Zo simpel is het.

Hoe VOB-structuren bekijken?

Moleculaire structuren van het VOB kunnen worden bekeken met behulp van een speciale online tool of softwaretoepassing. U kunt gratis software zoals IQmol, Swiss-PdbViewer en CueMol proberen om PDB-structuren op uw pc te visualiseren en analyseren. Gebruik je liever een online tool, dan zijn er veel mogelijkheden. Probeer bijvoorbeeld webservices zoals RCSB PDB en Molsoft. Dit zijn gratis online PDB-bestandsviewers die geavanceerde hulpmiddelen voor moleculaire visualisatie en analyse bieden.

Hoe een PDB-bestand naar PDF te converteren?

Om het PDB-bestand naar PDF te converteren, kunt u deze gratis desktoptoepassing genaamd Molekel gebruiken. Het biedt een speciale “Opslaan naar PDF”-optie waarmee u het PDB-bestand naar PDF-formaat kunt converteren. U kunt het PDB-bestand openen en vervolgens op “Bestand” > “Opslaan naar PDF” klikken om het VOB naar PDF te converteren. We hebben deze software in detail besproken in dit bericht, bekijk het hierboven.

Dat is alles.

Bron: The Windows Club