PDB(단백질 데이터 은행) 파일이란? Windows 11에서 열고 보는 방법은 무엇입니까?

2022/09/20

PDB(Protein Data Bank) 파일은 분자 구조를 저장하는 3차원 분자 파일입니다. 이제 PC에서 이러한 파일을 여는 방법이 궁금하다면 이 게시물이 흥미로울 것입니다. 여기에서는 PDB 파일에 대해 자세히 설명하고 Windows 11/10에서 이러한 파일을 보는 방법에 대해 설명합니다. 자, 더 이상 고민하지 않고 확인합시다!

PDB(단백질 데이터 은행) 파일이란?

PDB( Protein Data Bank )는 단백질, 핵산 및 기타 큰 분자에 대한 3D 구조 데이터 데이터베이스입니다. 확장자 가 pdb 인 파일은 기본적으로 3차원 생물학적 분자의 구조와 관련된 데이터를 담고 있는 파일입니다. 데이터에는 원자 좌표, 원자 구조, 원자 연결성, 단백질 구조, 핵산 구조 등이 포함됩니다. 여기에는 실험 메타데이터도 포함되어 있습니다.

이 파일 형식은 생물정보학에서 단백질 좌표를 교환하는 데 널리 사용됩니다. 그것은 단백질의 구조를 설명하는 수천 줄을 포함합니다. 이제 Windows PC에서 PDB 파일을 읽거나 보려면 전용 앱이 없기 때문에 전용 타사 도구를 사용해야 합니다. 이 게시물에서는 Windows 11/10에서 PDB 파일을 보는 다양한 방법에 대해 설명합니다.

Windows 11에서 PDB(Protein Data Bank) 파일을 보는 방법은 무엇입니까?

Windows 11/10에서 PDB(Protein Data Bank) 파일을 보는 방법에는 두 가지가 있습니다.

무료 소프트웨어를 사용하여 PDB 파일을 봅니다.
무료 온라인 도구를 사용해 PDB 파일을 읽으십시오.

1] 무료 소프트웨어를 사용하여 PDB 파일을 봅니다.

PDB 파일을 열고 볼 수 있는 타사 Windows 소프트웨어를 사용할 수 있습니다. 사용해 볼 수 있는 Windows용 무료 데스크톱 앱이 여러 개 있습니다. 사용할 수 있는 몇 가지 좋은 방법은 다음과 같습니다.

아이큐몰
스위스-PdbViewer
쿠몰
몰레켈
라스몰

A] 익몰

IQmol은 Windows 11/10용 무료 오픈 소스 분자 편집기 및 시각화 소프트웨어입니다. 이를 사용하여 PDB는 물론 MOL, SMI, CUBE, XYZ 등과 같은 다양한 3D 분자 파일을 볼 수 있습니다. 이 소프트웨어에서 모든 중요한 분자 시각화 도구를 찾을 수 있습니다. 이러한 도구는 기본에서 고급까지 다양합니다. PDB 파일을 보는 것 외에도 분자 구조를 편집할 수도 있습니다.

동시에 여러 PDB 파일을 열고 동시에 볼 수 있습니다. 모델 보기 패널에서 하나 이상의 PDB 파일 렌더링을 활성화하거나 비활성화할 수 있습니다.

IQmol의 주요 특징:

살펴볼 수 있는 이 무료 오픈 소스 PDB 파일 뷰어의 기능은 다음과 같습니다.

확대/축소(마우스 휠 사용), 팬, 회전, 전체 화면, 보기 모드 재설정, 축 표시 등을 포함한 모든 표준 파일 탐색 도구를 찾을 수 있습니다.
셰이더, 주변광, 주변광, 안개 강도, 하이라이트, 노이즈 강도, POV-Ray 설정 등과 같은 매개변수를 편집하여 모델의 모양을 사용자 정의할 수 있습니다.
원자 질량, 부분 전하, NMR, 스핀 밀도 등과 같은 원자 레이블을 추가할 수도 있습니다.
이를 통해 원하는 대로 카메라 설정을 사용자 지정할 수 있습니다. 카메라 투사, 위치 등을 조정할 수 있습니다.
분자 모델을 자동으로 회전할 수 있는 편리한 자동 회전 기능이 있습니다.
현재 단백질 구조 표현을 PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS 등과 같은 이미지 형식으로 저장할 수 있습니다.
또한 “다른 이름으로 저장” 기능을 사용하여 PDB를 다른 분자 파일로 변환할 수 있습니다. 지원되는 출력 형식: XYZ, MOL, MOL2, CML 등
또한 계산 기능 을 사용하여 분자 구조 에너지, 힘, PES 스캔, 전이 상태, 화학적 이동, 기하학, 에너지 분해, BSSE 보정 등을 계산할 수 있습니다.

기능 보기 외에도 분자 구성 기능 세트가 포함된 특수 빌드 메뉴가 표시됩니다. 이러한 기능에는 새로운 원자 추가, 새로운 분자 삽입, 구조 최소화, 동위 원소 설정 등이 포함됩니다.

이것은 PC에서 Protein Data Bank 파일을 시각화할 수 있는 정말 좋은 분자 모델링 소프트웨어입니다. 마음에 들면 여기 에서 다운로드 하십시오 .

B] 스위스-PdbViewer

Swiss-PdbViewer는 Windows 11/10용 특별 무료 PDB 파일 뷰어입니다. 여러 단백질 구조를 동시에 시각화하고 분석할 수 있습니다. PDB 파일에 포함된 단백질 구조, DNA 구조 등을 분석할 수 있습니다. PDB 파일 외에도 MOL 및 MMCIF 파일을 열고 볼 수도 있습니다.

PDB 파일을 열면 제어판 창과 함께 3D 보기가 인터페이스에 표시됩니다. 제어판에는 일반 정보, 목록 및 파일 제목이 포함되어 있습니다. 구조를 쉽게 이동, 회전, 확대/축소 등을 할 수 있습니다.

또한 기본 설정에 따라 도트 표면, 베이스, 수소 결합, 힘 벡터 등을 표시하거나 숨길 수 있습니다. 또한 구조를 더 잘 분석하기 위해 다른 색 구성표로 다른 부분을 강조 표시할 수 있습니다. 또한 Solid 3D에서 렌더링, POV 렌더링, 레이블 표시 등과 같은 표시 기능을 사용할 수 있습니다.

시각화 도구 외에도 많은 분자 모델링 기능을 사용할 수 있습니다. 또한 에너지 계산, H-결합 계산, 도메인 분석, 도메인 감지, 3D 모티브 생성, 결정학적 대칭 구축 및 기타 도구도 제공합니다.

공식 사이트 에서 다운로드할 수 있습니다 .

다] 큐몰

CueMol 은 Windows 11/10용 무료 PDB 뷰어입니다. PDB 파일을 볼 수 있는 고분자 구조 시각화 도구입니다. 열고 볼 수 있는 다른 파일은 DX, MAP, MTZ, CNS 등입니다.

이를 통해 투시 뷰와 직교 뷰 사이를 전환하고, 모델을 회전하고, 확대/축소하는 등의 작업을 수행할 수 있습니다. POV-Ray 및 해당 애니메이션 렌더링 방법을 사용하여 모델을 렌더링할 수 있습니다. 렌더링된 구조는 PNG 형식으로 저장할 수 있습니다. 모델의 거리, 각도 및 비틀림을 측정할 수 있는 측정 도구도 사용할 수 있습니다.

또한 단백질 구조를 추가로 분석하기 위한 몇 가지 추가 도구를 찾을 수 있습니다. 이러한 도구에는 분자 중첩, Mol 표면 절단기, Mol 표면 생성, Mol 결합 편집기, 상호 작용 분석, Mol 모프 애니메이션 등이 포함됩니다.

PDB 파일에 존재하는 단백질 구조를 시각화하고 분석하는 좋은 소프트웨어입니다.

D] 몰레켈

이 목록의 다음 PDB 뷰어 소프트웨어는 Molekel입니다. 이것은 PDB 파일을 열고 볼 수 있는 다소 오래되었지만 강력한 분자 시각화 소프트웨어입니다. 단백질 구조를 분석할 수 있는 많은 분자 시각화 및 분석 도구를 찾을 수 있습니다.

분자, 원자, 결합, 잔류물 등의 표시를 사용자 정의할 수 있습니다. Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Line Tape 등. 또한 3D 보기 속성 조정, 경계 상자 표시/숨기기, 셰이더 사용 등을 할 수 있습니다. 구조 표면의 전자 밀도를 변경하여 PDB 파일을 볼 수 있고 구조에 용매에 사용할 수 있는 표면을 추가합니다.

분자 구조의 애니메이션을 재현 하는 애니메이션 기능을 찾을 수 있습니다 . 또한 적절한 도구가 포함된 특별한 “분석” 메뉴가 있습니다. 분석 도구를 사용하여 구조에 대한 그리드 데이터, 회전 밀도, 분자 정전기 전위, 방출 스펙트럼, 거리, 각도 등을 결정할 수 있습니다.

또한 PDB 파일을 다양한 파일 형식으로 변환할 수 있습니다. 이러한 형식에는 PDF, PS, EPS 및 이미지가 포함됩니다. 당신이 그것을 좋아한다면, 당신은 그것을 얻을 수 있습니다 .

E] 그라인딩

RasMol을 사용하여 Windows 11/10에서 PDB 파일을 볼 수도 있습니다. 분자 구조를 시각화하고 분석할 수 있는 무료 오픈 소스 소프트웨어입니다. 또한 MOL, XYZ, CIF, MOPAC 등과 같은 다른 파일 열기 및 보기를 지원합니다.

이를 통해 구조를 프레임, 날실, 막대, 리본, 가닥 등으로 볼 수 있습니다. 또한 구조의 다른 부분을 다른 색상으로 강조 표시할 수 있습니다. 또한 원하는 대로 수소 원자, 헤테로 원자, 그림자, 레이블 등을 표시하거나 숨길 수 있습니다. 또한 구조물의 거리, 비틀림, 각도 및 기타 값을 측정할 수 있습니다.

이 소프트웨어는 여기에서 사용할 수 있습니다 .

2] 무료 온라인 도구를 사용하여 PDB 파일을 읽으십시오.

무료 온라인 도구를 사용하여 PDB 파일을 열고 볼 수도 있습니다. 웹 브라우저에서 웹 사이트를 열고 PDB 파일을 다운로드하여 보기만 하면 됩니다. 다음은 시도해 볼 수 있는 좋은 무료 온라인 PDB 뷰어입니다.

RCSB PDB
몰소프트

A] RCSB PDB

RCSB PDB라는 무료 온라인 도구를 사용하여 Protein Data Bank 파일을 시각화할 수 있습니다. PDB 파일을 가져온 다음 분자 구조를 시각화하고 분석할 수 있습니다.

확대/축소, 회전, 고급 포트 보기 토글, 카메라 재설정, 선택 모드 토글 등과 같은 몇 가지 기본 시각화 기능을 찾을 수 있습니다. 또한 카메라 모드(원근 또는 직교), 배경색, 켜기 등과 같은 일부 설정을 조정하거나 옵션을 제어할 수 있습니다. /끄다. 폐색 비활성화, 안개, 클리핑, 위치 등을 활성화/비활성화합니다.

그것은 애니메이션 기능 과 함께 제공됩니다. 이를 이용하여 단백질 구조를 자동으로 회전시킬 수 있습니다. 이를 통해 회전 속도와 각도를 조정할 수 있습니다. 전용 측정 도구도 제공됩니다. 이 도구를 사용하면 거리, 방향, 각도 등과 같은 여러 값을 찾을 수 있습니다.

이러한 기능 외에도 구조 모티브 검색, 구성 요소 추가, 애니메이션 내보내기, 지오메트리 내보내기(STL, OBJ 등) 및 모델 내보내기와 같은 몇 가지 편리한 도구를 사용할 수 있습니다.

대체로 이것은 훌륭한 시각화 도구 세트가 포함된 정말 좋은 무료 온라인 PDB 뷰어입니다. 여기에서 시도해 볼 수 있습니다 .

나] 몰소프트

Molsoft는 PDB 구조를 시각화하는 데 사용할 수 있는 또 다른 온라인 도구입니다. 기본 기능을 갖춘 간단한 PDB 파일 뷰어입니다. 시작하려면 그의 웹사이트 를 열고 3개의 막대가 있는 메뉴 항목을 클릭하십시오. 그런 다음 “열기” 옵션을 선택하여 로컬에 저장된 PDB 파일을 가져오거나 Google 드라이브에서 파일을 업로드합니다. 파일을 선택하면 뷰어에 분자 구조가 표시됩니다.

다양한 보기 모드를 사용하여 구조를 시각화할 수 있습니다. 이러한 보기에는 와이어프레임, CPK(크레아틴 포스포키나제), 볼 및 막대, 리본 등이 포함되며 요구 사항에 맞게 이러한 보기 모드 간에 쉽게 전환할 수 있습니다. 또한 구조를 더 잘 이해할 수 있도록 원자 레이블, 잔기 레이블, 수소 결합 및 사이트를 활성화하거나 비활성화할 수 있습니다.

측정 도구도 제공합니다. 모델에서 거리, 평면 각도 및 비틀림 각도를 측정할 수 있습니다. 또한 편리한 Color by 기능을 사용하여 원자 유형, 사슬, 정렬, 2차 구조 등으로 구조를 색칠할 수 있습니다.

이것은 무료로 사용해 볼 수 있는 또 다른 좋은 온라인 PDB 파일 뷰어입니다.

Protein Data Bank에서 PDB 파일을 다운로드하는 방법은 무엇입니까?

Protein Data Bank에서 PDB 파일을 다운로드하려면 Protein Data Bank 웹 사이트를 방문하여 인간 헤모글로빈, 키티나제 등의 단백질 또는 거대 분자의 이름을 입력하고 검색할 수 있습니다. 그런 다음 검색 결과에서 파일을 선택하고 다운로드 옵션을 사용하여 PDB 파일을 다운로드합니다. 저것과 같이 쉬운.

PDB 구조를 보는 방법?

PDB의 분자 구조는 전용 온라인 도구 또는 소프트웨어 응용 프로그램을 사용하여 볼 수 있습니다. IQmol, Swiss-PdbViewer 및 CueMol과 같은 무료 소프트웨어를 사용해 PC에서 PDB 구조를 시각화하고 분석할 수 있습니다. 온라인 도구를 사용하려는 경우 많은 옵션이 있습니다. 예를 들어, RCSB PDB 및 Molsoft와 같은 웹 서비스를 사용해 보십시오. 이들은 고급 분자 시각화 및 분석 도구를 제공하는 무료 온라인 PDB 파일 뷰어입니다.

PDB 파일을 PDF로 변환하는 방법은 무엇입니까?

PDB 파일을 PDF로 변환하려면 Molekel이라는 무료 데스크톱 응용 프로그램을 사용할 수 있습니다. PDB 파일을 PDF 형식으로 변환할 수 있는 특별한 “PDF로 저장” 옵션을 제공합니다. PDB 파일을 연 다음 “파일” > “PDF로 저장”을 클릭하여 PDB를 PDF로 변환할 수 있습니다. 이 게시물에서 이 소프트웨어에 대해 자세히 설명했습니다. 위에서 확인하세요.

그게 다야.

출처: Windows 클럽