Che cos’è un file PDB (Protein Data Bank)? Come aprirlo e visualizzarlo in Windows 11?

I file Protein Data Bank (PDB) sono file molecolari tridimensionali che memorizzano strutture molecolari. Ora, se ti stai chiedendo come aprire tali file su PC, questo post ti interesserà. Qui discuteremo in dettaglio i file PDB e come visualizzare tali file in Windows 11/10. Quindi, senza ulteriori indugi, diamo un’occhiata!

Che cos’è un file PDB (Protein Data Bank)?

La Protein Data Bank (PDB) è un database di dati strutturali 3D per proteine, acidi nucleici e altre grandi molecole. Un file con estensione pdb è fondamentalmente un file contenente dati relativi alla struttura di una molecola biologica 3D. I dati includono coordinate atomiche, strutture atomiche, connettività atomica, struttura delle proteine, struttura dell’acido nucleico e altro ancora. Contiene anche metadati sperimentali.

Questo formato di file è ampiamente utilizzato in bioinformatica per lo scambio di coordinate proteiche. Contiene migliaia di righe che descrivono la struttura di una proteina. Ora, se vuoi leggere o visualizzare file PDB su un PC Windows, devi utilizzare uno strumento di terze parti dedicato poiché non esiste un’app nativa per questo. In questo post, discuteremo diversi modi per visualizzare il file PDB in Windows 11/10.

Come visualizzare il file Protein Data Bank (PDB) in Windows 11?

Esistono due modi per visualizzare il file Protein Data Bank (PDB) in Windows 11/10, vale a dire:

1. Utilizzare il software gratuito per visualizzare i file PDB.
2. Prova uno strumento online gratuito per leggere i file PDB.

1] Utilizzare il software gratuito per visualizzare i file PDB.

È possibile utilizzare software Windows di terze parti che consentono di aprire e visualizzare file PDB. Sono disponibili diverse app desktop gratuite per Windows che puoi provare. Ecco alcuni buoni che puoi usare:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumolo
• Molecola
• Rasmol

A] IKmol

IQmol è un editor molecolare e un software di visualizzazione gratuito e open source per Windows 11/10. Usandolo, puoi visualizzare PDB e vari altri file di molecole 3D come MOL, SMI, CUBE, XYZ, ecc. In questo software puoi trovare tutti gli importanti strumenti di visualizzazione molecolare. Questi strumenti vanno da quelli di base a quelli avanzati. Oltre a visualizzare il file PDB, puoi anche modificare la struttura molecolare.

Ti consente di aprire più file PDB contemporaneamente e di visualizzarli tutti contemporaneamente. Nel pannello Vista modello, puoi abilitare o disabilitare il rendering di uno o più file PDB.

Le principali caratteristiche di IQmol:

Le caratteristiche di questo visualizzatore di file PDB gratuito e open source che puoi esaminare sono:

• Puoi trovare tutti gli strumenti standard per la navigazione dei file, inclusi zoom avanti/indietro (con la rotellina del mouse), panoramica, rotazione, schermo intero, ripristino della modalità di visualizzazione, visualizzazione degli assi, ecc.
• Ti consente di personalizzare l’aspetto del modello modificando parametri come shader, luce ambientale, luce ambientale, intensità della nebbia, luci, intensità del rumore, impostazioni POV-Ray, ecc.
• Puoi anche aggiungere etichette atomiche come massa atomica, carica parziale, NMR, densità di spin, ecc.
• Ciò ti consente di personalizzare le impostazioni della fotocamera a tuo piacimento. È possibile regolare la proiezione della telecamera, la posizione, ecc.
• Ha una pratica funzione di rotazione automatica che consente di ruotare automaticamente il modello molecolare.
• È possibile salvare la rappresentazione della struttura proteica corrente in un formato immagine come PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, ecc.
• Consente inoltre di convertire file PDB in altri file molecolari utilizzando la funzione “Salva con nome”. Formati di output supportati: XYZ, MOL, MOL2, CML, ecc.
• Puoi anche utilizzare le sue funzioni di calcolo per calcolare l’energia della struttura molecolare, le forze, la scansione PES, lo stato di transizione, i cambiamenti chimici, la geometria, la decomposizione dell’energia, la correzione BSSE, ecc.

Oltre alle funzioni di visualizzazione, ottieni uno speciale menu Build con una serie di funzioni di costruzione molecolare. Queste caratteristiche includono l’aggiunta di nuovi atomi, l’inserimento di nuove molecole, la riduzione al minimo della struttura, l’impostazione degli isotopi e altro ancora.

Questo è un ottimo software di modellazione molecolare con il quale puoi visualizzare i file di Protein Data Bank sul tuo PC. Se ti piace, scaricalo da qui .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer è uno speciale visualizzatore di file PDB gratuito per Windows 11/10. Consente di visualizzare e analizzare più strutture proteiche contemporaneamente. È possibile analizzare la struttura della proteina, la struttura del DNA, ecc. contenuta nel file PDB. Oltre al file PDB, consente anche di aprire e visualizzare file MOL e MMCIF.

Quando si apre un file PDB, sull’interfaccia viene visualizzata una vista 3D insieme a una finestra del pannello di controllo. Il pannello di controllo contiene informazioni generali, un elenco e un titolo del file. Puoi facilmente spostare la struttura, ruotarla, ingrandire/ridurre, ecc.

Ti consente anche di mostrare o nascondere la superficie del punto, la base, i legami idrogeno, i vettori di forza e altro in base alle tue preferenze. Puoi anche evidenziare parti diverse con diverse combinazioni di colori per analizzare meglio la struttura. Inoltre, puoi utilizzare funzioni di visualizzazione come Rendering in Solid 3D, Rendering POV, Visualizza etichette e altro.

Oltre agli strumenti di visualizzazione, ottieni anche molte funzionalità di modellazione molecolare. Inoltre, include anche il calcolo dell’energia, il calcolo del legame H, l’analisi del dominio, il rilevamento del dominio, la creazione di motivi 3D, la costruzione della simmetria cristallografica e altri strumenti.

Puoi scaricarlo dal sito ufficiale .

C] Kyu Mall

CueMol è un altro visualizzatore PDB gratuito per Windows 11/10. È uno strumento di visualizzazione della struttura macromolecolare con il quale è possibile visualizzare file PDB. Altri file che puoi aprire e visualizzare in esso sono DX, MAP, MTZ, CNS, ecc.

Ti consente di alternare tra viste prospettiche e ortografiche, ruotare il modello, ingrandire/ridurre, ecc. Puoi renderizzare il modello usando POV-Ray e i suoi metodi di rendering dell’animazione. La struttura renderizzata può essere salvata in formato PNG. È inoltre disponibile uno strumento di misura che consente di misurare la distanza, l’angolo e la torsione nel modello.

Puoi anche trovare alcuni strumenti aggiuntivi per analizzare ulteriormente la struttura delle proteine. Questi strumenti includono la sovrapposizione molecolare, il cutter della superficie Mol, la creazione della superficie Mol, l’editor del legame Mol, l’analisi dell’interazione, l’animazione del morph Mol , ecc.

È un buon software per visualizzare e analizzare la struttura proteica presente nei file PDB.

D] Molecola

Il prossimo software di visualizzazione PDB in questo elenco è Molekel. Questo è un software di visualizzazione molecolare piuttosto vecchio ma potente che consente di aprire e visualizzare file PDB. Puoi trovare molti strumenti di visualizzazione e analisi molecolare che ti consentono di analizzare le strutture proteiche.

Ti consente di personalizzare la visualizzazione di molecole, atomi, legami, residui, ecc. Puoi scegliere diversi tipi di visualizzazione per ciascuno di essi, come Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicilind, Wire, Stick, Line Tape, ecc. Inoltre, è possibile regolare le proprietà della vista 3D, mostrare/nascondere riquadri di delimitazione, utilizzare shader, ecc. Consente di visualizzare il file PDB modificando la densità elettronica della superficie della struttura e aggiungendo alla struttura una superficie disponibile per il solvente.

In esso puoi trovare una funzione di animazione per riprodurre l’animazione della struttura della molecola. Ha anche uno speciale menu “Analisi” con strumenti appropriati. Utilizzando gli strumenti di analisi, è possibile determinare i dati della griglia, la densità di rotazione, il potenziale elettrostatico molecolare, lo spettro di emissione, la distanza, l’angolo e altro per una struttura.

Consente inoltre di convertire i file PDB in vari formati di file. Questi formati includono PDF, PS, EPS e Immagine. Se ti è piaciuto, puoi trovarlo qui .

E] Rettifica

Puoi anche usare RasMol per visualizzare i file PDB su Windows 11/10. È un software gratuito e open source che consente di visualizzare e analizzare le strutture molecolari. Supporta anche l’apertura e la visualizzazione di altri file come MOL, XYZ, CIF, MOPAC, ecc.

Ti permette di visualizzare la struttura come cornice, ordito, aste, nastri, trefoli, ecc. Puoi anche evidenziare diverse parti della struttura con colori diversi. Consente inoltre di mostrare o nascondere atomi di idrogeno, eteroatomi, ombre, etichette, ecc. in base alle proprie preferenze. Puoi anche misurare distanza, torsione, angolo e altri valori in una struttura.

Questo software è disponibile qui .

2] Prova uno strumento online gratuito per leggere i file PDB.

Puoi anche utilizzare uno strumento online gratuito per aprire e visualizzare i file PDB. Tutto quello che devi fare è aprire il sito Web in un browser Web e scaricare il file PDB per visualizzarlo. Ecco alcuni buoni visualizzatori PDB online gratuiti che puoi provare:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB PDB

Puoi utilizzare questo strumento online gratuito chiamato RCSB PDB per visualizzare i file di Protein Data Bank. Consente di importare un file PDB e quindi visualizzare e analizzare la sua struttura molecolare.

Puoi trovare alcune funzioni di visualizzazione di base come zoom, rotazione, attivazione/disattivazione avanzata della visualizzazione della porta, ripristino della fotocamera, attivazione/disattivazione della modalità di selezione, ecc. Consente inoltre di regolare alcune impostazioni o opzioni di controllo come la modalità fotocamera (prospettica o ortografica), il colore di sfondo /spento. disabilitare l’occlusione, abilitare/disabilitare la nebbia, il clipping, la posizione, ecc.

Viene fornito con una funzione di animazione . Usando questo, puoi ruotare automaticamente la struttura proteica. Con questo, puoi regolare la velocità e l’angolo di rotazione. Ottieni anche uno strumento di misurazione dedicato. Usando questo strumento, puoi scoprire più valori come distanza, orientamento, angolo e altro.

Oltre a queste funzionalità, sono disponibili molti altri utili strumenti: ricerca del motivo della struttura, aggiunta di componenti, esportazione dell’animazione, esportazione della geometria (STL, OBJ, ecc.) ed esportazione del modello.

Tutto sommato, questo è un ottimo visualizzatore di PDB online gratuito con un ottimo set di strumenti di visualizzazione. Puoi provarlo qui .

B] Molsoft

Molsoft è un altro strumento online che può essere utilizzato per visualizzare le strutture PDB. Questo è un semplice visualizzatore di file PDB con funzionalità di base. Per iniziare, apri il suo sito Web e fai clic sulla voce di menu con le tre barre. Successivamente, seleziona l’opzione “Apri” per importare un file PDB salvato localmente o caricare un file dal tuo Google Drive. Quando selezioni un file, ti mostrerà la struttura molecolare nel visualizzatore.

È possibile utilizzare diverse modalità di visualizzazione per visualizzare la struttura. Queste visualizzazioni includono wireframe, creatinfosfochinasi (CPK), ball and rod, ribbon e altro ancora. Puoi passare facilmente da una modalità di visualizzazione all’altra in base alle tue esigenze. Inoltre, consente di abilitare o disabilitare le etichette degli atomi, le etichette dei residui, i legami idrogeno e i siti per una migliore comprensione della struttura.

Fornisce inoltre strumenti di misurazione. È possibile misurare la distanza, l’angolo piatto e l’angolo di torsione nel modello. Inoltre è disponibile una pratica funzione Color by, che permette di colorare la struttura per tipo di atomo, catena, allineamento, struttura secondaria, ecc.

Questo è un altro buon visualizzatore di file PDB online che puoi provare gratuitamente.

Come scaricare un file PDB dalla banca dati delle proteine?

Per scaricare un file PDB dalla banca dati delle proteine, è possibile visitare il sito Web della banca dati delle proteine, inserire e cercare il nome della proteina o della macromolecola, come emoglobina umana, chitinasi, ecc. Quindi selezionare il file dai risultati della ricerca e utilizzare l’opzione di download per scaricare il file PDB. Così semplice.

Come visualizzare le strutture PDB?

Le strutture molecolari del PDB possono essere visualizzate utilizzando uno strumento online dedicato o un’applicazione software. Puoi provare software gratuiti come IQmol, Swiss-PdbViewer e CueMol per visualizzare e analizzare le strutture PDB sul tuo PC. Se preferisci utilizzare uno strumento online, ci sono molte opzioni. Ad esempio, prova i servizi web come RCSB PDB e Molsoft. Si tratta di visualizzatori di file PDB online gratuiti che forniscono strumenti avanzati di analisi e visualizzazione molecolare.

Come convertire il file PDB in PDF?

Per convertire il file PDB in PDF, puoi utilizzare questa applicazione desktop gratuita chiamata Molekel. Fornisce una speciale opzione “Salva in PDF” che consente di convertire il file PDB in formato PDF. È possibile aprire il file PDB e quindi fare clic su “File” > “Salva in PDF” per convertire PDB in PDF. Abbiamo discusso questo software in dettaglio in questo post, dai un’occhiata sopra.

È tutto.

Fonte: The Windows Club