Qu’est-ce qu’un fichier de banque de données sur les protéines (PDB) ? Comment l’ouvrir et l’afficher dans Windows 11 ?

Les fichiers Protein Data Bank (PDB) sont des fichiers moléculaires tridimensionnels qui stockent des structures moléculaires. Maintenant, si vous vous demandez comment ouvrir de tels fichiers sur PC, cet article vous intéressera. Ici, nous discuterons en détail des fichiers PDB et comment afficher ces fichiers dans Windows 11/10. Alors, sans plus tarder, vérifions-le!

Qu’est-ce qu’un fichier de banque de données sur les protéines (PDB) ?

La Protein Data Bank (PDB) est une base de données de données structurelles 3D pour les protéines, les acides nucléiques et d’autres grandes molécules. Un fichier avec l’ extension pdb est essentiellement un fichier contenant des données relatives à la structure d’une molécule biologique 3D. Les données comprennent les coordonnées atomiques, les structures atomiques, la connectivité atomique, la structure des protéines, la structure des acides nucléiques, etc. Il contient également des métadonnées expérimentales.

Ce format de fichier est largement utilisé en bioinformatique pour échanger les coordonnées des protéines. Il contient des milliers de lignes décrivant la structure d’une protéine. Désormais, si vous souhaitez lire ou afficher des fichiers PDB sur un PC Windows, vous devez utiliser un outil tiers dédié car il n’existe pas d’application native pour cela. Dans cet article, nous discuterons des différentes manières d’afficher le fichier PDB dans Windows 11/10.

Comment afficher le fichier Protein Data Bank (PDB) dans Windows 11 ?

Il existe deux façons d’afficher le fichier Protein Data Bank (PDB) dans Windows 11/10, à savoir :

1. Utilisez un logiciel gratuit pour afficher les fichiers PDB.
2. Essayez un outil en ligne gratuit pour lire les fichiers PDB.

1] Utilisez un logiciel gratuit pour afficher les fichiers PDB.

Vous pouvez utiliser un logiciel Windows tiers qui vous permet d’ouvrir et d’afficher les fichiers PDB. Il existe plusieurs applications de bureau gratuites disponibles pour Windows que vous pouvez essayer. Voici quelques bons que vous pouvez utiliser :

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• cumol
• Molekel
• Rasmol

A] IKmol

IQmol est un éditeur moléculaire et un logiciel de visualisation gratuit et open source pour Windows 11/10. En l’utilisant, vous pouvez visualiser PDB ainsi que divers autres fichiers de molécules 3D comme MOL, SMI, CUBE, XYZ, etc. Dans ce logiciel, vous pouvez trouver tous les outils de visualisation moléculaire importants. Ces outils vont du basique au plus avancé. En plus de visualiser le fichier PDB, vous pouvez également modifier la structure moléculaire.

Il vous permet d’ouvrir plusieurs fichiers PDB en même temps et de les afficher tous en même temps. Dans le panneau Vue modèle, vous pouvez activer ou désactiver le rendu d’un ou plusieurs fichiers PDB.

Les principales caractéristiques d’IQmol :

Les fonctionnalités de cette visionneuse de fichiers PDB gratuite et open source que vous pouvez consulter sont :

• Vous pouvez trouver tous les outils de navigation de fichiers standard, y compris le zoom avant/zoom arrière (avec la molette de la souris), le panoramique, la rotation, le plein écran, la réinitialisation du mode d’affichage, les axes d’affichage, etc.
• Il vous permet de personnaliser l’apparence du modèle en modifiant des paramètres tels que le shader, la lumière ambiante, la lumière ambiante, la force du brouillard, les reflets, l’intensité du bruit, les paramètres POV-Ray, etc.
• Vous pouvez également ajouter des étiquettes atomiques telles que la masse atomique, la charge partielle, la RMN, la densité de spin, etc.
• Cela vous permet de personnaliser les paramètres de l’appareil photo à votre guise. Vous pouvez régler la projection, la position, etc. de la caméra.
• Il dispose d’une fonction pratique de rotation automatique qui vous permet de faire pivoter automatiquement le modèle moléculaire.
• Vous pouvez enregistrer la représentation actuelle de la structure protéique dans un format d’image tel que PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, etc.
• Il vous permet également de convertir PDB en d’autres fichiers de molécules à l’aide de la fonction « Enregistrer sous ». Formats de sortie pris en charge : XYZ, MOL, MOL2, CML, etc.
• Vous pouvez également utiliser ses fonctions de calcul pour calculer l’énergie de la structure moléculaire, les forces, le balayage PES, l’état de transition, les déplacements chimiques, la géométrie, la décomposition de l’énergie, la correction BSSE, etc.

En plus des fonctions de visualisation, vous obtenez un menu spécial Construire avec un ensemble de fonctions de construction moléculaire. Ces fonctionnalités incluent l’ajout de nouveaux atomes, l’insertion de nouvelles molécules, la minimisation de la structure, la définition d’isotopes, etc.

Il s’agit d’un très bon logiciel de modélisation moléculaire avec lequel vous pouvez visualiser les fichiers de la Protein Data Bank sur votre PC. Si vous l’aimez, téléchargez-le ici .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer est un visualiseur de fichiers PDB gratuit spécial pour Windows 11/10. Il vous permet de visualiser et d’analyser simultanément plusieurs structures protéiques. Vous pouvez analyser la structure des protéines, la structure de l’ADN, etc. contenues dans le fichier PDB. Outre le fichier PDB, il vous permet également d’ouvrir et d’afficher les fichiers MOL et MMCIF.

Lorsque vous ouvrez un fichier PDB, une vue 3D s’affiche sur l’interface avec une fenêtre du panneau de contrôle. Le panneau de contrôle contient des informations générales, une liste et un titre de fichier. Vous pouvez facilement déplacer la structure, la faire pivoter, effectuer un zoom avant/arrière, etc.

Il vous permet également d’afficher ou de masquer la surface des points, la base, les liaisons hydrogène, les vecteurs de force et plus encore selon vos préférences. Vous pouvez également mettre en évidence différentes parties avec différentes combinaisons de couleurs pour mieux analyser la structure. En outre, vous pouvez utiliser des fonctionnalités d’affichage telles que le rendu en 3D solide, le rendu POV, l’affichage des étiquettes, etc.

En plus des outils de visualisation, vous bénéficiez également de nombreuses fonctionnalités de modélisation moléculaire. En outre, il comprend également le calcul d’énergie, le calcul de liaison H, l’analyse de domaine, la détection de domaine, la création de motifs 3D, la construction de symétrie cristallographique et d’autres outils.

Vous pouvez le télécharger depuis le site officiel .

C] KyuMall

CueMol est un autre visualiseur PDB gratuit pour Windows 11/10. Il s’agit d’un outil de visualisation de structure macromoléculaire avec lequel vous pouvez visualiser des fichiers PDB. Les autres fichiers que vous pouvez ouvrir et afficher sont DX, MAP, MTZ, CNS, etc.

Il vous permet de basculer entre les vues en perspective et orthographiques, de faire pivoter le modèle, d’effectuer un zoom avant/arrière, etc. Vous pouvez rendre le modèle à l’aide de POV-Ray et de ses méthodes de rendu d’animation. La structure rendue peut être enregistrée au format PNG. Un outil de mesure est également disponible pour vous permettre de mesurer la distance, l’angle et la torsion dans le modèle.

Vous pouvez également trouver des outils supplémentaires pour analyser plus en profondeur la structure des protéines. Ces outils incluent la superposition moléculaire, le coupeur de surface Mol, la création de surface Mol, l’éditeur de liaison Mol, l’analyse d’interaction, l’animation Mol morph , etc.

C’est un bon logiciel pour visualiser et analyser la structure des protéines présentes dans les fichiers PDB.

D] Molekel

Le prochain logiciel de visualisation PDB sur cette liste est Molekel. Il s’agit d’un logiciel de visualisation moléculaire assez ancien mais puissant qui vous permet d’ouvrir et de visualiser des fichiers PDB. Vous pouvez trouver de nombreux outils de visualisation et d’analyse moléculaires qui vous permettent d’analyser les structures des protéines.

Il vous permet de personnaliser l’affichage des molécules, atomes, liaisons, résidus, etc. Vous pouvez choisir différents types d’affichage pour chacun d’eux, tels que Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Fil, bâton, bande de ligne, etc. De plus, vous pouvez ajuster les propriétés de la vue 3D, afficher/masquer les cadres de délimitation, utiliser des shaders, etc. Il vous permet de visualiser le fichier PDB en modifiant la densité électronique de la surface de la structure et ajouter une surface disponible pour le solvant à la structure.

Vous pouvez y trouver une fonction d’ animation pour reproduire l’animation de la structure de la molécule. Il dispose également d’un menu spécial « Analyse » avec les outils appropriés. À l’aide d’outils d’analyse, vous pouvez déterminer les données de grille, la densité de rotation, le potentiel électrostatique moléculaire, le spectre d’émission, la distance, l’angle, etc. pour une structure.

Il vous permet également de convertir des fichiers PDB en différents formats de fichiers. Ces formats incluent PDF, PS, EPS et Image. Si vous l’avez aimé, vous pouvez l’obtenir ici .

E] Broyage

Vous pouvez également utiliser RasMol pour afficher les fichiers PDB sous Windows 11/10. C’est un logiciel gratuit et open source qui vous permet de visualiser et d’analyser des structures moléculaires. Il prend également en charge l’ouverture et la visualisation d’autres fichiers tels que MOL, XYZ, CIF, MOPAC, etc.

Il vous permet de visualiser la structure comme un cadre, une chaîne, des tiges, des rubans, des brins, etc. Vous pouvez également mettre en évidence différentes parties de la structure avec différentes couleurs. Il vous permet également d’afficher ou de masquer les atomes d’hydrogène, les hétéroatomes, les ombres, les étiquettes, etc. selon vos préférences. Vous pouvez également mesurer la distance, la torsion, l’angle et d’autres valeurs dans une structure.

Ce logiciel est disponible ici .

2] Essayez un outil en ligne gratuit pour lire les fichiers PDB.

Vous pouvez également utiliser un outil en ligne gratuit pour ouvrir et afficher les fichiers PDB. Tout ce que vous avez à faire est d’ouvrir le site Web dans un navigateur Web et de télécharger le fichier PDB pour le visualiser. Voici quelques bons visualiseurs PDB en ligne gratuits que vous pouvez essayer :

• RCSB APB
• Molsoft

A] RCSB APB

Vous pouvez utiliser cet outil en ligne gratuit appelé RCSB PDB pour visualiser les fichiers de la banque de données sur les protéines. Il permet d’importer un fichier PDB puis de visualiser et d’analyser sa structure moléculaire.

Vous pouvez trouver certaines fonctionnalités de visualisation de base telles que le zoom, la rotation, le basculement avancé de la vue du port, la réinitialisation de la caméra, le basculement du mode de sélection, etc. Il vous permet également d’ajuster certains paramètres ou de contrôler des options comme le mode caméra (perspective ou orthographique), la couleur /à l’arrêt. désactiver l’occlusion, activer/désactiver le brouillard, l’écrêtage, l’emplacement, etc.

Il est livré avec une fonction d’ animation . En utilisant cela, vous pouvez automatiquement faire pivoter la structure de la protéine. Avec cela, vous pouvez régler la vitesse de rotation et l’angle. Vous bénéficiez également d’un outil de mesure dédié. À l’aide de cet outil, vous pouvez trouver plusieurs valeurs telles que la distance, l’orientation, l’angle, etc.

En plus de ces fonctionnalités, plusieurs autres outils pratiques sont disponibles : recherche de motif de structure, ajout de composants, exportation d’animation, exportation de géométrie (STL, OBJ, etc.) et exportation de modèle.

Dans l’ensemble, il s’agit d’un très bon visualiseur PDB en ligne gratuit avec un excellent ensemble d’outils de visualisation. Vous pouvez l’essayer ici .

B] Molsoft

Molsoft est un autre outil en ligne qui peut être utilisé pour visualiser les structures PDB. Il s’agit d’un simple visualiseur de fichiers PDB avec des fonctionnalités de base. Pour commencer, ouvrez son site Web et cliquez sur l’élément de menu avec les trois barres. Après cela, sélectionnez l’option « Ouvrir » pour importer un fichier PDB enregistré localement ou télécharger un fichier depuis votre Google Drive. Lorsque vous sélectionnez un fichier, il vous montrera la structure moléculaire dans le visualiseur.

Vous pouvez utiliser différents modes d’affichage pour visualiser la structure. Ces vues incluent filaire, créatine phosphokinase (CPK), boule et tige, ruban, etc.. Vous pouvez facilement basculer entre ces modes d’affichage en fonction de vos besoins. De plus, il vous permet d’activer ou de désactiver les étiquettes d’atomes, les étiquettes de résidus, les liaisons hydrogène et les sites pour une meilleure compréhension de la structure.

Il fournit également des outils de mesure. Vous pouvez mesurer la distance, l’angle plat et l’angle de torsion dans le modèle. De plus, une fonction Color by pratique est disponible, qui vous permet de colorer la structure par type d’atome, chaîne, alignement, structure secondaire, etc.

Ceci est une autre bonne visionneuse de fichiers PDB en ligne que vous pouvez essayer gratuitement.

Comment télécharger un fichier PDB depuis la Protein Data Bank ?

Pour télécharger un fichier PDB à partir de la banque de données sur les protéines, vous pouvez visiter le site Web de la banque de données sur les protéines, entrer et rechercher le nom de la protéine ou de la macromolécule, telle que l’hémoglobine humaine, la chitinase, etc. Sélectionnez ensuite le fichier dans les résultats de la recherche et utilisez l’option de téléchargement pour télécharger le fichier PDB. Aussi simple que cela.

Comment visualiser les structures PDB ?

Les structures moléculaires de la PDB peuvent être visualisées à l’aide d’un outil en ligne dédié ou d’une application logicielle. Vous pouvez essayer des logiciels gratuits comme IQmol, Swiss-PdbViewer et CueMol pour visualiser et analyser les structures PDB sur votre PC. Si vous préférez utiliser un outil en ligne, il existe de nombreuses options. Par exemple, essayez des services Web tels que RCSB PDB et Molsoft. Ce sont des visualiseurs de fichiers PDB en ligne gratuits qui fournissent des outils avancés de visualisation et d’analyse moléculaires.

Comment convertir un fichier PDB en PDF ?

Pour convertir un fichier PDB en PDF, vous pouvez utiliser cette application de bureau gratuite appelée Molekel. Il fournit une option spéciale « Enregistrer au format PDF » qui vous permet de convertir le fichier PDB au format PDF. Vous pouvez ouvrir le fichier PDB puis cliquer sur « Fichier » > « Enregistrer au format PDF » pour convertir PDB en PDF. Nous avons discuté de ce logiciel en détail dans cet article, consultez-le ci-dessus.

C’est tout.

Source : Le Club Windows