¿Qué es un archivo del banco de datos de proteínas (PDB)? ¿Cómo abrirlo y verlo en Windows 11?

Los archivos Protein Data Bank (PDB) son archivos moleculares tridimensionales que almacenan estructuras moleculares. Ahora, si se pregunta cómo abrir dichos archivos en la PC, esta publicación le interesará. Aquí discutiremos los archivos PDB en detalle y cómo ver dichos archivos en Windows 11/10. Entonces, sin más preámbulos, ¡vamos a verlo!

¿Qué es un archivo del banco de datos de proteínas (PDB)?

El Protein Data Bank (PDB) es una base de datos de datos estructurales en 3D para proteínas, ácidos nucleicos y otras moléculas grandes. Un archivo con la extensión pdb es básicamente un archivo que contiene datos relacionados con la estructura de una molécula biológica en 3D. Los datos incluyen coordenadas atómicas, estructuras atómicas, conectividad atómica, estructura de proteínas, estructura de ácidos nucleicos y más. También contiene metadatos experimentales.

Este formato de archivo se usa ampliamente en bioinformática para intercambiar coordenadas de proteínas. Contiene miles de líneas que describen la estructura de una proteína. Ahora, si desea leer o ver archivos PDB en una PC con Windows, debe usar una herramienta de terceros dedicada, ya que no existe una aplicación nativa para eso. En esta publicación, discutiremos diferentes formas de ver el archivo PDB en Windows 11/10.

¿Cómo ver el archivo Protein Data Bank (PDB) en Windows 11?

Hay dos formas de ver el archivo Protein Data Bank (PDB) en Windows 11/10, a saber:

1. Use software gratuito para ver archivos PDB.
2. Pruebe una herramienta en línea gratuita para leer archivos PDB.

1] Use software gratuito para ver archivos PDB.

Puede usar software de Windows de terceros que le permita abrir y ver archivos PDB. Hay varias aplicaciones de escritorio gratuitas disponibles para Windows que puede probar. Aquí hay algunos buenos que puedes usar:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Molekel
• Rasmol

A] Ikmol

IQmol es un software de visualización y edición molecular gratuito y de código abierto para Windows 11/10. Usándolo, puede ver PDB, así como varios otros archivos de moléculas 3D como MOL, SMI, CUBE, XYZ, etc. En este software, puede encontrar todas las herramientas importantes de visualización molecular. Estas herramientas van desde básicas hasta avanzadas. Además de ver el archivo PDB, también puede editar la estructura molecular.

Le permite abrir varios archivos PDB al mismo tiempo y verlos todos al mismo tiempo. En el panel Vista de modelo, puede habilitar o deshabilitar la representación de uno o más archivos PDB.

Las principales características de IQmol:

Las características de este visor de archivos PDB gratuito y de código abierto que puede consultar son:

• Puede encontrar todas las herramientas estándar de exploración de archivos, incluido acercar/alejar (con la rueda del mouse), desplazar, rotar, pantalla completa, restablecer el modo de vista, mostrar ejes, etc.
• Le permite personalizar la apariencia del modelo editando parámetros como el sombreador, la luz ambiental, la intensidad de la niebla, los reflejos, la intensidad del ruido, la configuración de POV-Ray, etc.
• También puede agregar etiquetas atómicas como masa atómica, carga parcial, RMN, densidad de espín, etc.
• Esto le permite personalizar la configuración de la cámara a su gusto. Puede ajustar la proyección de la cámara, la posición, etc.
• Tiene una práctica función de rotación automática que le permite rotar automáticamente el modelo molecular.
• Puede guardar la representación de la estructura proteica actual en un formato de imagen como PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, etc.
• También le permite convertir PDB a otros archivos de moléculas utilizando la función «Guardar como». Formatos de salida admitidos: XYZ, MOL, MOL2, CML, etc.
• También puede usar sus funciones de cálculo para calcular la energía de la estructura molecular, las fuerzas, el escaneo PES, el estado de transición, los cambios químicos, la geometría, la descomposición de la energía, la corrección BSSE, etc.

Además de las funciones de visualización, obtiene un menú de construcción especial con un conjunto de funciones de construcción molecular. Estas características incluyen agregar nuevos átomos, insertar nuevas moléculas, minimizar la estructura, establecer isótopos y más.

Este es un software de modelado molecular realmente bueno con el que puede visualizar archivos de Protein Data Bank en su PC. Si te gusta, descárgalo desde aquí .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer es un visor de archivos PDB especial y gratuito para Windows 11/10. Le permite visualizar y analizar varias estructuras de proteínas simultáneamente. Puede analizar la estructura de la proteína, la estructura del ADN, etc. contenida en el archivo PDB. Además del archivo PDB, también le permite abrir y ver archivos MOL y MMCIF.

Cuando abre un archivo PDB, se muestra una vista 3D en la interfaz junto con una ventana del panel de control. El panel de control contiene información general, una lista y un título de archivo. Puede mover fácilmente la estructura, girarla, acercar/alejar, etc.

También le permite mostrar u ocultar la superficie del punto, la base, los enlaces de hidrógeno, los vectores de fuerza y ​​más según sus preferencias. También puede resaltar diferentes partes con diferentes esquemas de color para analizar mejor la estructura. Además, puede usar funciones de visualización como Renderizar en 3D sólido, Renderizar POV, Mostrar etiquetas y más.

Además de las herramientas de visualización, también obtiene muchas funciones de modelado molecular. Además, también cuenta con cálculo de energía, cálculo de enlace H, análisis de dominio, detección de dominio, creación de motivos 3D, construcción de simetría cristalográfica y otras herramientas.

Puedes descargarlo desde el sitio oficial .

C] Centro Comercial Kyu

CueMol es otro visor de PDB gratuito para Windows 11/10. Es una herramienta de visualización de estructuras macromoleculares con la que puede ver archivos PDB. Otros archivos que puede abrir y ver en él son DX, MAP, MTZ, CNS, etc.

Le permite cambiar entre vistas en perspectiva y ortográficas, rotar el modelo, acercar/alejar, etc. Puede renderizar el modelo usando POV-Ray y sus métodos de renderizado de animación. La estructura renderizada se puede guardar en formato PNG. También está disponible una herramienta de medición que le permite medir la distancia, el ángulo y la torsión en el modelo.

También puede encontrar algunas herramientas adicionales para analizar más a fondo la estructura de la proteína. Estas herramientas incluyen superposición molecular, cortador de superficie Mol, creación de superficie Mol, editor de enlace Mol, análisis de interacción, animación de morfología Mol , etc.

Es un buen software para visualizar y analizar la estructura proteica presente en archivos PDB.

D] Molekel

El próximo software de visualización de PDB en esta lista es Molekel. Este es un software de visualización molecular bastante antiguo pero poderoso que le permite abrir y ver archivos PDB. Puede encontrar muchas herramientas de análisis y visualización molecular que le permiten analizar estructuras de proteínas.

Le permite personalizar la visualización de moléculas, átomos, enlaces, residuos, etc. Puede elegir diferentes tipos de visualización para cada uno de ellos, como Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cilindro, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Line Tape, etc. Además, puede ajustar las propiedades de vista 3D, mostrar/ocultar cuadros delimitadores, usar sombreadores, etc. Le permite ver el archivo PDB cambiando la densidad de electrones de la superficie de la estructura y añadiendo una superficie disponible para disolvente, a la estructura.

Puede encontrar una función de animación en él para reproducir la animación de la estructura de la molécula. También tiene un menú especial de «Análisis» con las herramientas apropiadas. Con las herramientas de análisis, puede determinar los datos de la cuadrícula, la densidad rotacional, el potencial electrostático molecular, el espectro de emisión, la distancia, el ángulo y más para una estructura.

También le permite convertir archivos PDB a varios formatos de archivo. Estos formatos incluyen PDF, PS, EPS e imagen. Si te ha gustado, puedes conseguirlo aquí .

E] Molienda

También puede usar RasMol para ver archivos PDB en Windows 11/10. Es un software gratuito y de código abierto que le permite visualizar y analizar estructuras moleculares. También admite abrir y ver otros archivos como MOL, XYZ, CIF, MOPAC, etc.

Le permite ver la estructura como marco, urdimbre, varillas, cintas, hilos, etc. También puede resaltar diferentes partes de la estructura con diferentes colores. También te permite mostrar u ocultar átomos de hidrógeno, heteroátomos, sombras, etiquetas, etc. según tus preferencias. También puede medir distancia, torsión, ángulo y otros valores en una estructura.

Este software está disponible aquí .

2] Pruebe una herramienta en línea gratuita para leer archivos PDB.

También puede usar una herramienta en línea gratuita para abrir y ver archivos PDB. Todo lo que tiene que hacer es abrir el sitio web en un navegador web y descargar el archivo PDB para verlo. Aquí hay algunos buenos visores de PDB en línea gratuitos que puede probar:

• RCSB AP
• Molsoft

A] RCSB AP

Puede usar esta herramienta en línea gratuita llamada RCSB PDB para visualizar los archivos del banco de datos de proteínas. Le permite importar un archivo PDB y luego visualizar y analizar su estructura molecular.

Puede encontrar algunas funciones básicas de visualización como zoom, rotación, cambio de vista de puerto avanzado, reinicio de cámara, cambio de modo de selección, etc. También le permite ajustar algunas configuraciones o controlar opciones como modo de cámara (perspectiva u ortográfica), color de fondo, en /apagado. deshabilitar oclusión, habilitar/deshabilitar niebla, recorte, ubicación, etc.

Viene con una función de animación . Usando esto, puede rotar automáticamente la estructura de la proteína. Con esto, puede ajustar la velocidad y el ángulo de rotación. También obtiene una herramienta de medición dedicada. Con esta herramienta, puede encontrar múltiples valores como la distancia, la orientación, el ángulo y más.

Además de estas funciones, hay disponibles otras herramientas útiles: búsqueda de motivos de estructuras, adición de componentes, exportación de animaciones, exportación de geometría (STL, OBJ, etc.) y exportación de modelos.

Con todo, este es un muy buen visor de PDB en línea gratuito con un gran conjunto de herramientas de visualización. Puedes probarlo aquí .

B] Molsoft

Molsoft es otra herramienta en línea que se puede utilizar para visualizar estructuras PDB. Este es un simple visor de archivos PDB con características básicas. Para comenzar, abra su sitio web y haga clic en el elemento del menú con las tres barras. Después de eso, seleccione la opción «Abrir» para importar un archivo PDB guardado localmente o cargar un archivo desde su Google Drive. Cuando seleccione un archivo, le mostrará la estructura molecular en el visor.

Puede utilizar diferentes modos de vista para visualizar la estructura. Estas vistas incluyen estructura alámbrica, creatina fosfoquinasa (CPK), bola y varilla, cinta y más. Puede cambiar fácilmente entre estos modos de vista para satisfacer sus necesidades. Además, le permite habilitar o deshabilitar etiquetas de átomos, etiquetas de residuos, enlaces de hidrógeno y sitios para una mejor comprensión de la estructura.

También proporciona herramientas de medición. Puede medir la distancia, el ángulo plano y el ángulo de torsión en el modelo. Además, está disponible una práctica función Color by, que le permite colorear la estructura por tipo de átomo, cadena, alineación, estructura secundaria, etc.

Este es otro buen visor de archivos PDB en línea que puede probar de forma gratuita.

¿Cómo descargar un archivo PDB del Protein Data Bank?

Para descargar un archivo PDB del Banco de datos de proteínas, puede visitar el sitio web del Banco de datos de proteínas, ingresar y buscar el nombre de la proteína o macromolécula, como hemoglobina humana, quitinasa, etc. Luego seleccione el archivo de los resultados de búsqueda y utilice la opción de descarga para descargar el archivo PDB. Tan simple como eso.

¿Cómo ver estructuras PDB?

Las estructuras moleculares del PDB se pueden ver utilizando una herramienta en línea o una aplicación de software dedicada. Puede probar software gratuito como IQmol, Swiss-PdbViewer y CueMol para visualizar y analizar estructuras PDB en su PC. Si prefiere utilizar una herramienta en línea, hay muchas opciones. Por ejemplo, pruebe servicios web como RCSB PDB y Molsoft. Estos son visores de archivos PDB en línea gratuitos que proporcionan herramientas avanzadas de análisis y visualización molecular.

¿Cómo convertir un archivo PDB a PDF?

Para convertir un archivo PDB a PDF, puede usar esta aplicación de escritorio gratuita llamada Molekel. Proporciona una opción especial «Guardar en PDF» que le permite convertir el archivo PDB a formato PDF. Puede abrir el archivo PDB y luego hacer clic en «Archivo» > «Guardar en PDF» para convertir PDB a PDF. Hemos discutido este software en detalle en esta publicación, échale un vistazo arriba.

Eso es todo.

Fuente: El club de las ventanas